Công tác tuyên truyền, giáo dục pháp luật: Việc tổ chức các hoạt động nhằm triển khai thực hiện pháp luật giao thông nói chung trong thời gian vừa qua các cơ quan nhà nước nhìn chung đã được đẩy mạnh, công tác tuyên truyền, phổ biến giáo dục pháp luật đã có một số kết quả nhất định. Tuy nhiên, chỉ tập trung nhiều vào đường bộ, công tác
giáo dục tuyên truyền phổ biến pháp luật giao thông đường thủy nội địa tuy có được quan tâm, nhưng chưa tương xứng, đường thủy chỉ được quan tâm khi có sự cố xảy ra. Hoạt động tuyên truyền, phổ biến, giáo dục pháp luật tuy đã được đầu tư, đẩy mạnh về mọi mặt, nhưng chưa có sự tổng kết, kiểm tra, từ đó chưa có sự đánh giá rút kinh nghiệm về hiệu quả.
Về tổ chức bộ máy:
Tồn tại chủ yếu trong khâu đăng ký phương tiện không thuộc diện đăng kiểm là tiến độ thực hiện đăng ký không đảm bảo theo kế hoạch đặt ra. Nguyên nhân trước hết thuộc về việc tổ chức quản lý, việc bố trí địa điểm đăng ký, đăng kiểm chỉ tập trung ở TP Long Xuyên là không hợp lý, làm mất thời gian và chi phí đi lại tốn kém hơn so với chấp nhận chịu phạt đã không khuyến khích người dân đi đăng ký, đăng kiểm. Vì vậy, thời gian tới cần phải nghiên cứu và bố trí lại bộ máy và cách tổ chức thực hiện đối với công tác này.
Các lực lượng chức năng địa phương (cảnh sát giao thông đường thủy, thanh tra giao thông) đã tổ chức nhiều đợt tuần tra, kiểm soát. Tuy nhiên do biên chế quá ít, nên việc bố trí lực lượng chưa thật sự hợp lý, chưa bảo đảm khép kín địa bàn: Lực lượng thanh tra giao thông của tỉnh không có thanh tra giao thông chuyên trách về đường thủy (ghép chung với đội tuần tra cơ động với 12 biên chế) và không có phương tiện thủy chuyên dùng phục vụ tuần tra kiểm soát; còn ở cấp huyện, thị xã, thành phố chỉ có từ 5 đến 7 biên chế đảm nhiệm cho cả đường bộ và đường thủy; Lực lượng cảnh sát giao thông đường thủy trên địa bàn có 45 chiến sĩ (bằng 1/3 so với lực lượng CSGT đường bộ), ở địa bàn cấp huyện không có bố trí cảnh sát giao thông đường thủy, có 02 trạm kiểm tra (sông Tiền và sông Vàm Nao) và 20 phương tiện phục vụ tuần tra. Vì vậy, với lực lượng quá ít so với địa bàn rộng lớn và trải dài nên không thể bao quát thường xuyên được địa bàn.
Mặt khác do nhận thức của một bộ phận cán bộ công chức, chiến sĩ về pháp luật giao thông đường thủy chưa cao, nên đã để xảy ra tình trạng các bến khách ngang sông không phép, phương tiện không bảo đảm các điều kiện kỹ thuật vẫn hoạt động, tình trạng lấn chiếm hành lang bảo vệ luồng có chiều hướng tăng.
Cơ quan quản lý chuyên ngành của Trung ương đóng trên địa bàn thiếu sự quan tâm đầu tư, nhất là hệ thống phao tiêu biển báo và chưa thực hiện được việc cắm mốc hàng
lang chỉ giới bảo vệ luồng chạy tàu, từ đó gây khó khăn trong việc phối hợp quản lý của địa phương.