Tại cấp trung ương: Thủ tướng Chớnh phủ thành lập Ban chỉ đạo nhà nước DA. Để giỳp việc cho Ban chỉ đạo nhà nước, Bộ Nụng nghiệp và Phỏt triển nụng thụn đó thành lập Ban điều hành DA trồng mới 5 triệu ha rừng - là tổ chức kiờm nhiệm, cú văn phũng thường trực (Ban QLDA 661) đặt tại Cục Lõm nghiệp (nay là Tổng cục Lõm nghiệp).
Tại cỏc địa phương thành lập Ban điều hành DA tỉnh. Giỳp việc cho Ban điều hành DA tỉnh cú Ban QLDA 661 của tỉnh và Ban QLDA cơ sở.
Tỉnh Quảng Ninh đó thành lập Ban điều hành DA tỉnh do đồng chớ Phú Chủ tịch UBND tỉnh làm trưởng ban, lónh đạo cỏc ngành liờn quan, Sở nụng nghiệp & Phỏt triển nụng thụn, Sở KH-ĐT, Sở Tài chớnh, Ngõn hàng nhà nước, Kho bạc nhà nước, Sở Tài nguyờn- Mụi trường, Chi cục Kiểm lõm làm ủy viờn. Thành lập Ban quản lý DA tỉnh do đồng chớ Chi cục trưởng Chi cục Lõm nghiệp làm trưởng ban, đồng chớ Phú chi cục trưởng làm phú ban, cỏc trưởng phũng làm ủy viờn.
Hàng năm, Ban QLDA cơ sở xõy dựng kế hoạch gửi về Ban QLDA tỉnh, Ban QLDA tỉnh phối hợp với Phũng kế hoạch của Sở NN&PTNT tổng hợp gửi về Ban điều hành DA tỉnh để ra chỉ tiờu kế hoạch thực hiện. Ban QLDA tỉnh thành lập đoàn cụng tỏc thẩm định kết quả kiểm tra, nghiệm thu của Ban QLDA cơ sở, rà soỏt tỡnh hỡnh thực hiện kế hoạch cỏc hạng mục lõm sinh, tỡnh hỡnh sử dụng vốn, tổng hợp số liệu và điều chỉnh kế hoạch từng năm.
Sở NN&PTNT triển khai DA 661, giao cho BQL rừng phũng hộ hồ Yờn Lập làm chủ đầu tư DA cơ sở, thực hiện trờn địa bàn 7 xó, phường của 03 huyện, thành
phố và cũng là cơ quan tham mưu cho Ban QL DA tỉnh về cụng tỏc quản lý và tổ chức thực hiện DA.
Toàn bộ cơ cấu tổ chức quản lý Dự ỏn được thể hiện qua sơ đồ 2:
Sơ đồ 2: Tổ chức bộ mỏy quản lý Dự ỏn 661 THỦ TƯỚNG CHÍNH PHỦ
Bộ Tài chớnh Bộ NN&PTNT Bộ KH-ĐT UBND tỉnh QN
Kho bạc nhà nước Sở NN&PTNT UBND huyện Hoành Bồ
Trung tõm giống cõy trồng tỉnh Chi cục Lõm nghiệp Chi cục Kiểm lõm BQL rừng phũng hộ hồ Yờn Lập Cỏn bộ kỹ thuật; Trạm Kiểm lõm địa bàn Hộ dõn trồng rừng
Cơ cấu tổ chức quản lý DA trờn đó cú những thành cụng nhất định trong suốt giai đoạn DA, với bộ mỏy gọn, đồng bộ, phõn cấp rừ ràng thể hiện sự phối hợp, gắn kết cao trong quỏ trỡnh vận hành, khụng cú sự chồng chộo trong cụng tỏc quản lý thuận lợi cho việc thực hiện DA từ Trung ương đến cơ sở.