Bên cạnh việc trực tiếp thực hiện đầu tư, NHCT VN đã thực hiện việc uỷ thác đầu tư qua công ty chứng khoán NHCT với doanh số đầu tư ngày càng lớn nhằm tận dụng nguồn vốn nhàn rỗi tạm thời và thu được lãi từ đầu tư tương đối cao so với việc cho vay trên thị trường liên ngân hàng.
Cách thức tiến hành đầu tư trước đây NHCT VN chủ yếu mua các chứng khoán trực tiếp từ tổ chức phát hành và sau đó nắm giữ cho đến khi các chứng khoán đó đến hạn. Loại chứng khoán này được gọi là chứng khoán đầu tư. Khác với chứng khoán đầu tư, hiện nay NHCT VN đã triển khai và thực hiện hoạt động kinh doanh chứng khoán qua đó NHCT VN có thể mua của đối tác này và bán cho đối tác khác nhằm hưởng chênh lệch giá hoặc khi có nhu cầu vốn thì NHCT VN có thể tìm đối tác để bán một phần số chứng khoán mà chủ yếu là trái phiếu chính phủ hoặc trái phiếu doanh nghiệp. Ngược lại khi dư một lượng vốn nhất định, NHCT có thể mua lại trái phiếu của các đối tác khác có nhu cầu bán mà không cần chờ đến khi các chứng khoán đó đáo hạn. Ngoài ra, NHCT VN đã thực hiện hoạt động mua bán kỳ hạn trái phiếu với một số đối tác, bản chất của việc mua bán có kỳ hạn là việc cho vay có tài sản cầm cố bằng trái phiếu, do vậy hoạt động cho vay có độ an toàn cao hơn. Bên cạnh đó, Công ty Chứng khoán NHCT VN thu được khoản phí giao dịch mua bán trái phiếu.
2.3.1.4. Tổ chức hoạt động đầu tư
Hoạt động đầu tư chứng khoán của NHCT VN đang được tổ chức và quản lý ngày một chuyên nghiệp hơn. Đầu tiên, đó là sự ra đời của Phòng Đầu tư. Trước đây, các hoạt động đầu tư khác nhau được nằm rải rác tại các phòng ban khác nhau và hoạt động đầu tư chỉ là một bộ phận nghiệp vụ trực thuộc các phòng ban khác. Từ tháng 3 năm 2006, NHCT VN đã thành lập Phòng Đầu tư với chức năng thực hiện và quản lý tập trung tất cả hoạt động đầu tư của NHCT VN, bao gồm cả đầu tư nội tệ,
ngoại tệ, đầu tư trên thị trường liên ngân hàng trong nước và quốc tế, đầu tư chứng khoán nợ, chứng khoán vốn...
Các quy trình nghiệp vụ hướng dẫn, các văn bản điều chỉnh hoạt động đầu tư chứng khoán của NHCT VN đã, đang và sẽ được hoàn thiện và áp dụng vào từng hoạt động đầu tư cụ thể. Qua đó, sẽ phân định rõ chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của từng cán bộ liên quan đến công tác đầu tư, đồng thời cũng là cơ sở pháp lý để các cán bộ chủ động thực hiện việc đầu tư chứng khoán.