Đến nay, NHCT VN vẫn chưa ban hành được quy chế hoạt động đầu tư chứng khoán, hiện đang nghiên cứu, soạn thảo quy chế đầu tư thương mại (hoạt động đầu tư chứng khoán vốn nằm trong phạm vi điều chỉnh của quy chế này), do đó đến nay chưa có được sự phân cấp uỷ quyền trong quá trình thực hiện hoạt động đầu tư chứng khoán nói chung, mọi phương án đầu tư đều phải được sự chấp thuận của Phó Tổng Giám đốc phục trách (đối với đầu tư chứng khoán nợ) hoặc được sự chấp thuận của Tổng Giám đốc và HĐQT (đối với đầu tư chứng khoán vốn) trước khi thực hiện. Chính điều này làm cho cán bộ làm công tác đầu tư không có được sự chủ động, linh hoạt trong công việc.
Trong hoạt động đầu tư vào chứng khoán vốn do chưa có chiến lược cụ thể, rõ ràng nên việc quyết định đầu tư được trình và chấp thuận thực hiện theo từng phương án khi có nhu cầu. Ngân hàng chưa có được sự chủ động tích cực trong việc tìm kiếm các dự án tốt để mua cổ phần, mà còn bị động trông chờ các đơn vị, doanh nghiệp có nhu cầu bán cổ phần mời NHCT VN tham gia.
Trình độ, năng lực đội ngũ cán bộ nói chung và đội ngũ cán bộ làm công tác đầu tư còn nhiều hạn chế so với yêu cầu phát triển của ngân hàng hiện đại, chưa được đào tạo chuyên sâu về đầu tư và thị trường chứng khoán. Hơn nữa việc thu thập, lưu trữ và chia sẻ thông tin khách hàng giữa các bộ phận có liên quan được thực hiện chưa tốt nên việc thẩm định khách hàng cùng với dự án của khách hàng đó là rất khó
do thiếu thông tin. Ngân hàng chưa đưa ra được một hệ thống chuẩn các chỉ tiêu đánh giá tính khả thi, hiệu quả của các phương án, dự án đầu tư. Do đó việc thẩm định và đưa ra ý kiến đề xuất chủ yếu dựa trên cơ sở các thông tin sẵn có, đôi khi không còn giá trị.