Ngoài đầu tư trực tiếp, NHCT đã đầu tư chứng khoán gián tiếp qua uỷ thác đầu tư thông qua công ty Chứng khoán NHCT, nhưng trong phương thức đầu tư trực tiếp chủ yếu thực hiện việc bảo lãnh phát hành trái phiếu và sau đó nắm giữ toàn bộ lượng trái phiếu mà NHCT VN nhận bảo lãnh phát hành cho đến hạn thanh toán, các hình thức khác như mua bán hưởng chênh lệch giá, hoán đổi các trái phiếu nhằm nâng cao mức sinh lời…mới được bắt đầu quan tâm. Hoạt động đầu tư gián tiếp cũng không sôi động, doanh số giao dịch chưa lớn, chưa được quan tâm phát triển, hoạt động này chỉ được triển khai khi Công ty Chứng khoán NHCT tìm được đầu mối hấp dẫn và không có nguồn vốn để thực hiện, nghĩa là NHCT VN vẫn nằm trong trạng thái bị động trong hoạt động uỷ thác đầu tư, chưa chủ động có kế hoạch để phát triển hoạt động này, bên cạnh đó, hoạt động uỷ thác đầu tư, NHCT VN mới chỉ thực hiện với Công ty Chứng khoán NHCT mà chưa mở rộng ra các đối tượng khác.
Danh mục đầu tư chứng khoán của NHCT VN cũng bao gồm nhiều loại: trái phiếu chính phủ, tín phiếu, trái phiếu doanh nghiệp, cổ phiếu... Tuy nhiên, danh mục đầu tư này rất nghèo nàn, chưa đa dạng phong phú về các chứng khoán thuộc các ngành nghề, doanh nghiệp khác nhau, mà mới tập trung chủ yếu ở trái phiếu chính phủ, tín phiếu Kho bạc và NHNN. Trong khi đó, số lượng các Tổng Công ty, doanh nghiệp có uy tín thực hiện cổ phần hoá trong thời gian qua là rất lớn và đặc biệt có nhiều đơn vị là những Tổng Công ty mạnh, có thiện chí mời NHCT VN tham gia với tư cách cổ đông chiến lược.
Cơ cấu các loại chứng khoán còn rất bất hợp lý, chủ yếu là sản phẩm truyền thống. Chứng khoán vốn – một trong những hình thức đầu tư mang lại lợi nhuận cao - còn chiếm một tỷ lệ quá thấp trong tổng danh mục. Hơn nữa, các NHTM nói chung, NHCT VN nói riêng hoàn toàn có những lợi thế nhất định để có thể tìm hiểu, tiếp cận và đầu tư vào các doanh nghiệp đã, đang và sẽ được cổ phần hoá. Rất nhiều doanh nghiệp mong muốn và mời NHCT VN là cổ đông chiến lược của mình, song có rất ít doanh nghiệp thành công. Để trở thành tập đoàn tài chính vững mạnh, có vị thế và ảnh hưởng lớn tới nền kinh tế Việt Nam, NHCT VN không thể thiếu được hoạt động đầu tư nắm quyền kiểm soát đối với một số doanh nghiệp. Trong khi thực tế hiện nay, danh mục đầu tư cổ phiếu của NHCT VN quá nghèo nàn, số lượng cổ phần của NHCT VN trong các doanh nghiệp không đủ lớn để nắm quyền kiểm soát, đấy là chưa nói đến với số lượng cổ phần nắm giữ như hiện tại, bất cứ lúc nào người đại diện của NHCT VN cũng có thể không đủ điều kiện để ứng cử vào Hội đồng quản trị.
Tín phiếu kho bạc nhà nước và Ngân hàng Nhà nước mặc dù đã giảm về tỷ trọng trên tổng đầu tư chứng khoán, song số dư vẫn duy trì khoảng 3.000 tỷ đồng. Lãi suất của tín phiếu thường thấp nên có ảnh hưởng tới hiệu quả chung của hoạt động đầu tư.
Trái phiếu Chính phủ chiếm tỷ trọng rất lớn trong tổng đầu tư chứng khoán của NHCT. Trong tổng số trái phiếu Chính phủ NHCT VN nắn giữ, phần lớn là loại trái phiếu có kỳ hạn 5 năm, các kỳ hạn khác chiếm một tỷ trọng không đáng kể.
Mặc dù năm 2006 có sự đầu tư mạnh vào trái phiếu doanh nghiệp, trái phiếu đô thị, đây là những loại trái phiếu có lãi suất tương đối cao so với trái phiếu Chính phủ cùng kỳ hạn, song tỷ trọng của các loại trái phiếu này cũng chỉ chiếm 10% tổng dư đầu tư chứng khoán.
Việc đầu tư vào các chứng khoán chủ yếu dưới hình thức đấu thầu, bảo lãnh phát hành từ nhà phát hành và nắm giữ cho đến khi đến hạn, việc mua từ các đối tác khác và bán khi chưa đến hạn rất hạn chế và chỉ chiếm một doanh số rất nhỏ. Hoạt động kinh doanh trái phiếu mới được triển khai, doanh số hoạt động còn nhỏ.
Hoạt động mua bán có kỳ hạn trái phiếu mặc dù là tương đối an toàn song cũng chưa được áp dụng rộng rãi, do ngoài chi phí lãi suất tiền vay, các bên tham gia mua bán có kỳ hạn còn phải chi trả một lượng phí giao dịch khi đặt lệnh mua bán thông qua các Công ty Chứng khoán.