Hoạt động đầu tư mua cổ phần hiện nay không được uỷ quyền cho các chi nhánh, vì vậy khi các chi nhánh nhận được lời mời, yêu cầu góp vốn, mua cổ phần vào một doanh nghiệp nào đó dù là với số lượng tiền mua cổ phần nhiều hay ít đều phải làm tờ trình gửi Phòng Đầu tư NHCT VN, sau đó Phòng Đầu tư sẽ phối hợp với Chi nhánh, doanh nghiệp thực hiện thẩm định và trình Tổng Giám đốc, nếu Tổng giám đốc duyệt phương án góp vốn, mua cổ phần đó thì Tổng giám đốc trình HĐQT NHCT VN chấp thuận, quyết định đầu tư hoặc trong trường hợp phương án góp vốn, mua cổ phần vượt quá tỷ lệ quy định của NHNN thì HĐQT trình Thống đốc NHNN chấp thuận. Như vậy với quy trình giải quyết một phương án góp vốn, mua cổ phần như hiện nay thì sẽ mất rất nhiều thời gian, dẫn đến mất cơ hội đầu tư do không đảm bảo về mặt thời gian trả lời, hoặc do chậm trễ các đối tượng khác đăng ký hết số lượng chào bán cần thiết…
Hoạt động đầu tư chứng khoán nợ được thực hiện dựa trên cơ sở kế hoạch từ đầu năm, đề ra về số lượng trái phiếu cần nắm giữ, do đó trong quá trình tổ chức thực hiện hoạt động này, chú trọng nhiều đến số lượng chứng khoán mua được, các yếu tố
khác là thứ yếu, sau khi thực hiện đầu tư xong cũng không quan tâm nhiều đến hiệu quả của danh mục đã đầu tư, do đó cũng không chú trọng đến việc đánh giá hiệu quả danh mục đầu tư hiện tại.
Hơn nữa, sự phối kết hợp giữa các phòng ban trong trụ sở chính, giữa phòng ban trụ sở chính và chi nhánh trong việc cung cấp thông tin khách hàng còn rất hạn chế do đến nay NHCT VN chưa xây dựng được quy chế cho hoạt động đầu tư, do đó chưa quy định rõ ràng trách nhiệm, quyền hạn của các Phòng ban, chi nhánh liên quan đến việc hỗ trợ cung cấp thông tin của doanh nghiệp, khách hàng góp phần đắc lực cho việc thẩm định khách hàng để đầu tư.