Tại các chợ đầu mối: Ở Nhật Bản có khoảng 900 chợ đầu mối cung cấp hải sản, tại đây hải sản được phân loại để chế biến, chăn nuôi hoặc là thực phẩm tươi sống tuỳ vào chất lượng và kích cỡ của từng loại. Giá cả tại các chợ đầu mối dựa vào mục đích sử dụng của từng loại, đối với các loại cá dùng để chăn nuôi thì giá chỉ bằng 10% so với giá cả tươi sống.
Tại các công ty nhập khẩu/thương mại: Là các công ty thu mua cá và các sản phẩm thuỷ sản từ thị trường nước ngoài, sau đó bán lại ở Nhật.
Trung tâm thương mại bán buôn: Theo từng địa phương được thành lập bởi Chính phủ Nhật Bản, bán các sản phẩm dễ bị hỏng như cá và hải sản tươi sống. Giá được xác định thông qua các cuộc đàm phán trực tiếp hoặc đấu giá công khai. Việc mua bán các sản phẩm thuỷ sản được thực hiện thông qua các nhà bán buôn tại các chợ hoặc qua các đầu mối trung gian và người uỷ quyền.
Thị trường bán buôn trung gian: Ở Nhật Bản có mối quan hệ mật thiết với các nhà bán lẻ. Thị trường bán buôn trung gian tại Nhật đã được hình thành từ những năm 90 do sự thống trị ngày càng mạnh mẽ của các nhà bán lẻ lớn và xu hướng giảm chi phí bằng cách giảm tối đa các đầu mối trung gian.
Hệ thống bán lẻ: Ở Nhật rất đa dạng bao gồm siêu thị, dịch vụ giao nhận tại nhà và các cửa hàng thuỷ sản. Theo một cuộc khảo sát của Hiệp hội Thuỷ sản Nhật Bản, phi lê cá là mặt hàng phổ biến nhất tại hệ thống bán lẻ ở Nhật.