Về mặt lý luận, khỏi niệm người tổ chức được quy định trong BLHS năm 1999 để từ đú xỏc định cỏc quy phạm khỏc của chế định đồng phạm về những loại người đồng phạm, cỏc giai đoạn thực hiện tội phạm trong đồng phạm, tự ý nửa chừng chấm dứt việc thực hiện tội phạm trong đồng phạm, cỏc
hỡnh thức đồng phạm và TNHS trong đồng phạm; đồng thời là cơ sở lý luận cho việc tiếp tục nghiờn cứu những vấn đề khỏc mang tính đặc thự đối với đồng phạm như cỏc giai đoạn thực hiện tội phạm, cỏc hỡnh thức đồng phạm, phạm tội cú tổ chức, tổ chức tội phạm... Khỏi niệm người tổ chức cựng với khỏi niệm đồng phạm là cơ sở phỏp lý để phõn biệt những hành vi liờn quan đến tội phạm và truy cứu TNHS những người đồng phạm. Việc nhận thức đúng đắn khỏi niệm người tổ chức trong thực tiễn xột xử là bảo đảm quan trọng cho việc thực hiện nguyờn tắc phỏp chế xó hội chủ nghĩa trong lĩnh vực hỡnh sự, nguyờn tắc xử lý được quy định tại điều 3 BLHS năm 1999, nhằm xử lý đúng người, đúng tội, khụng làm oan người vụ tội và khụng để lọt tội phạm.
Như vậy, khỏi niệm người tổ chức cú ý nghĩa thống nhất về mặt nhận thức trong nghiờn cứu lý luận cũng như trong thực tiễn xột xử.
Bờn cạnh những ý nghĩa núi trờn, khỏi niệm người tổ chức cũn cú ý nghĩa trong việc xỏc định tính nguy hiểm cho xó hội của loại người đồng phạm này khi so sỏnh với loại người đồng phạm.
Trong mối quan hệ với luật tố tụng hỡnh sự, khỏi niệm người tổ chức trong đồng phạm cú ý nghĩa là một trong những cơ sở để thực hiện nhiều chế định của luật tố tụng hỡnh sự như chế định chứng cứ (xỏc định những vấn đề phải chứng minh trong vụ ỏn hỡnh sự, thu thập chứng cứ, đỏnh giỏ chứng cứ), chế định cỏc biện phỏp ngăn chặn…
Ngoài ra khỏi niệm người tổ chức trong đồng phạm cũn cú ý nghĩa là cơ sở lý luận cho một số ngành khoa học phỏp lý cú liờn quan đến khoa học LHS như: tội phạm học, tõm lý học tư phỏp ... trong viợ̀c nghiờn cứu những vấn đề về tội phạm cú tổ chức, tội phạm chưa thành niờn thành niờn, vấn đề đồng phạm dưới gúc độ tõm lý học để đề xuất những biện phỏp phũng, chống tội phạm cú hiệu quả thiết thực hơn.
Về mặt thực tiễn, việc xỏc định đúng người tổ chức trong vụ ỏn đồng phạm, thể hiện sự nhận thức đúng vị trí vai trũ của loại người này, đỏnh giỏ đúng
đắn tính chất nguy hiểm cho xó hội của hành vi phạm tội. Do vậy xỏc định đúng vị trí vai trũ của người tổ chức trong vụ ỏn đồng phạm cú ý nghĩa trong việc cỏ thể húa TNHS, cũng như để cỏ thể húa trỏch nhiệm dõn sự đối với người tổ chức. Điều này hoàn toàn chính xỏc với nhận xột của một chuyờn gia nghiờn cứu về phỏp luật ":Điều quan trọng trong đồng phạm là vấn đề xỏc định vai trò và mức độ tham gia của từng người đồng phạm để có sự đỏnh giỏ sỏt đỳng và cụ thể hóa trỏch nhiệm hỡnh sự của những người đồng phạm" [42, tr. 128].
Tuy nhiờn, qui định về người tổ chức hiện nay chưa xỏc định được nội hàm của khỏi niệm, nờn trong thực tiễn xột xử cho thấy, một số cơ quan tiến hành tố tụng chưa nhận thức đúng đắn về bản chất của người tổ chức trong đồng phạm, nhất là người tổ chức ở dạng chủ mưu , cho nờn cú những người khởi xướng việc thực hiện tội phạm, điều khiển đồng phạm mà Tũa ỏn võ̃n khụng xỏc định là người chủ mưu, vỡ vậy đó khụng thực hiện đúng nguyờn tắc xử lý được qui định ở khoản 2 Điều 3 BLHS năm 1999: "Nghiờm trị người chủ mưu, cầm đầu, chỉ huy" [24].