Sở Khoa học Công nghệ, Sở Tài nguyên & Môi trường, Sở Xây dựng, Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Sở Giao thông Vận tải, Sở Văn hóa-Thể thao và Du lịch, Sở Kế hoạch và Đầu tư, Sở Giáo dục và Đào tạo, Cảng vụ Nha Trang, Bộ chỉ huy
Quân sự tỉnh, Bộ chỉ huy Bộ đội Biên phòng tỉnh, Công an tỉnh phối hợp với Ban quản lý KBTB vịnh Nha Trang và các ngành, địa phương liên quan thực hiện nhiệm vụ sau:
* Chức năng của Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn:
- Chỉ đạo Chi cục Khai thác và Bảo vệ nguồn lợi thủy sản tuyên truyền, giáo dục, vận động quần chúng nhất là người dân đang sống bên trong và chung quanh vịnh Nha Trang bảo vệ và phát triển nguồn lợi thủy sản; hướng dẫn cho họ các biện pháp về nuôi trồng, khai thác các lọai thủy sản nhằm đảm bảo môi trường sinh thái vịnh Nha Trang.
- Chỉ đạo Thanh tra Sở Thủy sản thường xuyên tuần tra theo chức năng để phát hiện, xử lý những vi phạm về bảo vệ và phát triển nguồn lợi thủy sản trên vịnh Nha Trang như việc khai thác, tàng trữ, mua bán san hô, đánh bắt các lọai hải sản quý hiếm; dùng các phương tiện hủy diệt để khai thác thủy sản..
- Chỉ đạo Chi Cục kiểm lâm thực hiện nhiệm vụ quản lý các hoạt động theo chức năng, lĩnh vực của ngành ; Tuyên truyền, vận động, giáo dục cộng đồng dân cư, nhất là cộng đồng dân cư bên trong và xung quanh vịnh Nha Trang tham gia bảo vệ tài nguyên biển; Phối hợp với các ngành liên quan kiểm tra, phát hiện và xử lý các hành vi xâm hại tài nguyên rừng trong vịnh Nha Trang như đốt rừng, khai thác gỗ, cây cảnh; chặt phá cây rừng; săn bắn chim thú trái phép và các hành vi khác gây ảnh hưởng tiêu cực đối với sự sinh tồn của hệ động thực vật trong vịnh Nha Trang; Phối hợp với Ban quản lý Vịnh Nha Trang và các cơ quan, tổ chức trong nước và nước ngoài có liên quan tổ chức các dự án khảo sát, nghiên cứuđa dạng sinh học để bảo tồn và phát triển hệ sinh thái rừng trong vịnh Nha Trang.
- Chủ động hướng dẫn các địa phương thực hiện tốt quy họach nuôi trồng thủy sản trên vịnh Nha Trang đã được UBND tỉnh phê duyệt.
* Chức năng của Sở Tài nguyên và Môi trường:
- Tuyên truyền hướng dẫn các cơ sở sản xuất kinh doanh bên trong và xung quanh, các phương tiện vận tải họat động trên vịnh Nha Trang chấp hành đúng quy định của Nhà nước về bảo vệ môi trường.
- Chỉ đạo Thanh tra Môi trường phối hợp với Thanh tra các ngành thường xuyên kiểm tra, phát hiện và xử lý các tàu thuyền vận tải biển và các phương tiện thủy nội địa khác xả dầu thừa, nước la canh, rác thải xuống vịnh Nha Trang.
- Phối hợp với các cơ quan chức năng, cộng đồng địa phương tìm kiếm các giải pháp hữu hiệu nhằm kiểm soát và giảm thiểu mối đe dọa đối với chất thải, môi trường nước và ô nhiễm bầu không khí trong vịnh Nha Trang
- Đề xuất, kiến nghị những giải pháp nhằm bảo vệ môi trường vịnh Nha Trang.
* Chức năng của Sở Xây dựng:
Chỉ đạo Thanh tra xây dựng thường xuyên kiểm tra, giám sát theo chức năng để phát hiện, xử lý những vi phạm về việc xây dựng các công trình, cơ sở hạ tầng trên vịnh Nha Trang đúng theo quy định.
* Chức năng của Sở Giao thông - Vận tải:
- Thực hiện tốt biện pháp quản lý phương tiện vận chuyển khách tham quan vịnh Nha Trang và người điều khiển phương tiện; chỉ cho phép chủ phương tiện có phương tiện đảm bảo tiêu chuẩn kỹ thuật, an toàn, người điều khiển có bằng hoặc chứng chỉ chuyên môn phù hợp với cấp tàu mới được đăng ký chở khách; Tuyên truyền, giáo dục các chủ phương tiện thực hiện nghiêm túc các quy định về an toàn giao thông đường thủy, bảo vệ môi trường, không được thải dầu, rác xuống vịnh.
- Thực hiện tốt chức năng Thanh tra giao thông trên vịnh Nha Trang.
* Chức năng của Sở Văn hóa-Thể thao và Du lịch:
- Chỉ đạo các công ty, các đơn vị du lịch lữ hành, các Câu lạc bộ bơi, lặn, khách sạn tăng cường tuyên truyền hướng dẫn ý thức bảo vệ môi trường biển và tài nguyên biển.
- Hướng dẫn, kiểm tra việc thực hiện các Quy định của UBND tỉnh về điều kiện kinh doanh
- Xây dựng định hướng phát triển loại hình kinh doanh du lịch phù hợp với yêu cầu và quy hoạch bảo tồn, phát triển vịnh Nha Trang.
* Chức năng của Công an tỉnh:
- Thực hiệc các biện pháp phòng ngừa, phát hiện và đấu tranh với các hoạt động xâm phạm an ninh quốc gia, các loại tội phạm hình sự, đảm bảo môi trường an ninh- trật tự cho mọi hoạt động kinh tế-xã hội trên vịnh Nha Trang.
- Tham mưu, hướng dẫn các ngành thực hiện tốt mọi chủ trương, đường lối, chỉ thị, Nghị quyết của cấp trên về công tác an ninh trật tự như: Nghị quyết 08/NQ/TW của Bộ Chính trị về bảo vệ an ninh quốc gia; Nghị quyết 10/NQ/TW vế công tác an ninh trật tự.
- Kịp thời trao đổi thông tin cho các ngành về tình hình an ninh-trật tự có liên quan, nhất là âm mưu, phương thức, thủ đoạn mọi hoạt động của lực lượng thù địch và các tội phạm nhằm bảo vệ tốt an ninh chính trị nội bộ, bảo vệ tài sản XHCN, bảo vệ trật tự an toàn trên vịnh Nha Trang.