Tác động tới hệ thực vật:
Theo ước tính , toàn bộ dự án sẽ huy động khoảng trên 900 ha đất của khu vực. Trong đó khu vực khai trường khoảng 300ha, bãi thải vách trên 300ha, bãi thải Nà Đươi 150 ha.
Việc huy động quỹ đất dành cho hoạt động khai thác than của mỏ Na Dương đồng nghĩa với việc giảm một quỹ đất tương ứng với một số mục đích sử dụng khác nhau. Trong đó, hệ thực vật và nhân tạo đã được hình thành và phát triển trên diện tích đó bị loại bỏ. Theo tính toán khoảng trên 20ha đất và vườn , trên 48 ha đất nông nghiệp.; trên 230ha đất rừng. Qua tài liệu khảo sát cho thấy, diện tích rừng sẽ bị chiếm dụng để phục vụ cho dự án đều là rừng tái sinh, không có các loài thực vật quý hiếm. Cây cối ở rừng này chủ yếu là thông, bạch đàn, phi lao, xà cừ, các cây đốt, ,như tre nứa, mai, vầu, lâu sây...Tại vùng diện tích vườn được trồng một số loại cây ăn quả như mít, vải , nhãn, hồng bì, dứa, ,chuối... Một số cây lương thực như ngô, lúa, khoai, sắn, đậu... Tuy nhiên, xét về giá trị kinh tế, hiện tại mức sinh lợi từ
nguồn tài nguyên thực vật này đem so sánh với việc chuyển đổi để hoạt động khoáng sản sẽ sinh ra nhiều lợi nhuận hơn. Bên cạnh đó, do khu vực huyện Lộc Bình là huyện miền núi, diện tích đất rừng lớn, nên sự biến đổi diện tích trên là không đáng kể và tác động không lớn đến những quy hoạch phát triển nông lâm nghiệp của vùng.
Tác động tới sinh trưởng và phát triển của hệ thực vật trong khu vực: Hoạt động của dự án sẽ phát sinh các loại nước thải, khí thải có thể trực tiếp hoặc gián tiếp ảnh hưởng ít nhiều đến sự sinh trưởng và phát triển của hệ thực vật tự nhiên và nhân tạo trong khu vực. Về vấn đề tác động gián tiếp của nước thải mỏ, nếu nước thải mỏ không được xử lý đổ ra hệ thống sông suối thì việc sử dụng nước tưới tiêu trên suối Toòng Già đoạn từ mỏ ra sông Kỳ Cùng chắc chắn sẽ làm ảnh hưởng tới sự sinh trưởng và phát triển của cây trồng.Vấn đề xả thải vào môi trường không khí các tác nhân gây ô nhiễm như bụi, hơi khí độc. Bụi gây phủ lấp lá và giảm khả năng quang hợp dẫn đến ảnh hưởng xấu tới sự sinh trưởng và phát triển của thực vật. Các khi độc như CO, SO2, NO2 gây ra các bệnh ở thực vật, làm cho cây chậm phát triển, gây cháy mầm lá ở một số cây…
Tác động tới hệđộng vật trong vùng:
Hoạt động khai thác than đã chiếm chỗ và làm thay đổi chỗ cư trú, sinh sống của một số loài động vật tự nhiên của khu vực. Với việc làm mất đi khoảng 900 ha đất, các động vật này phải di cư sang môi trường mới và có thể bị tổn thất do không thích nghi được với điều kện mới.
Tác động tới hệ sinh thái khu vực:
Tác động tới hệ sinh thái cảnh quan: Dự án mở rộng mỏ than Na Dương kéo theo dự án nhà máy nhiệt điện Na Dương đã thay đổi cảnh quan của vùng Na Dương từ hệ sinh thái cảnh quan miền núi chủ yếu là hoạt động nông nghiệp, lâm nghiệp chuyển sang theo một kiểu sinh thái cảnh quan mới, sinh thái cảnh quan công nghiệp, kéo theo nhiều dịch vụ phát triển và góp phần vào đô thị hoá khu vực Na Dương nói riêng và tỉnh Lạng Sơn nói chung.
Bên cạnh đó, khai thác lộ thiên, diện tích chiếm dụng lớn, tác động biến đổi địa hình, địa mạo mạnh mẽđã làm cho cảnh quan từ các dạng đồi bát úp, có hệ thực
vật phát triển chuyển sang hệ cảnh quan với những bãi thải đất đá nhân tạo, bề mặt bị phá huỷ mạnh mẽ, tạo nên địa hình âm với diện tích và độ sâu lớn
Tác động tới hệ sinh thái nông nghiệp, lâm nghiệp:
Theo một số điểm phân tích trên, việc tác động tới hệ sinh thái lâm nghiệp của dự án là không nhiều. Tuy nhiên, tác động tới hệ sinh thái nông nghiệp là tương đối lớn. Với các địa phương nằm trong diện cần nhường đất để khai thác nông nghiệp của xã phần lớn đều nằm trong vùng khai trường, bãi thải vì thế việc chiếm dụng địa hình này, sẽ tác động lớn tới việc làm và kinh tế xã hội của người dân ở các thôn Toòng Danh, Khoòn Quanh, Pò Sáy, Khoòn Chè...