Bên cạnh những kết quả đã đạt được, việc thực hiện bảo đảm tại chi nhánh vẫn gặp nhiều khó khăn trong quá trình thực hiện các quy định của Nhà nước khiến cho chất lượng tín dụng của một số khoản vay chưa được như mong muốn, những tồn tại này cần được khắc phục và hoàn thiện trong thời gian tới:
Thông thường, chỉ có các tài sản có giá trị lớn như nhà , đất, phương tiện vận tải mới có giấy chứng nhận quyền sở hữu và sử dụng, còn các tài sản khác có giá trị nhỏ hơn thường không có đăng ký quyền sở hữu, hoặc cũng có trường hợp có nhưng người dân không đăng ký, điều này gây khó khăn cho các CBTD khi cần thẩm định TSBĐ.Đặc biệt là các tài sản như quyền sở hữu trí tuệ, các phát minh, sáng chế, việc xác minh tính pháp lý rất hạn chế, khó đánh giá.
Thứ hai, khó khăn trong việc đăng ký giao dịch bảo đảm
Đây là một khó khăn chung của hoạt động tín dụng ngân hàng.Các văn bản pháp luật ở nước ta hiện nay chưa hoàn thiện và thống nhất.Chính vì sự thiếu đồng bộ giữa các văn bản pháp lý dẫn đến tình trạng ở Việt Nam hiện nay có rất nhiều cơ quan đăng ký giao dịch bảo đảm.Cụ thể là, tàu biển phải đăng ký tại cơ quan đăng ký tàu biển và thuyền viên khu vực, máy bay phải đăng ký tại cục hàng không dân dụng, nhà đất phải đăng ký tại cơ quan nhà đất địa phương… Nếu một hợp đồng tín dụng được bảo đảm bằng nhiều loại tài sản thì việc đăng ký giao dịch bảo đảm mất rất nhiều chi phí giao dịch.
Thứ ba, cơ cấu các hình thức BĐTD chưa thực sự phát huy hết hiệu quả
Tại chi nhánh ngân hàng hiện có ba hình thức BĐTD và hầu hết là thế chấp tài sản của khách hàng vay vốn.Xét về tiềm năng, chi nhánh ngân hàng nên nâng tỷ trọng về hình thức bảo lãnh của bên thứ ba vì hình thức này có độ an toàn cao hơn so với hình thức bảo đảm tài sản hình thành từ vốn vay.
Thứ tư, việc xử lý TSBĐ còn gặp nhiều khó khăn
Trên thực tế, ngân hàng gặp không ít khó khăn khi xử lý TSBĐ.Hầu hết các khoản vay đều có TSBĐ, nhưng để xử lý thu hồi nợ kể cả khi tài sản đầy đủ giấy tờ sở hữu cũng gặp nhiều vấn đề về pháp lý.Ngay cả khi đã có phán quyết của Tòa án, ngân hàng vẫn gặp trở ngại vì khâu thi hành án còn chậm.Ngoài ra, đối với TSBĐ là máy móc, thiết bị có giá trị cao thường khó thanh lý vì mang tính chuyên dụng, không phù hợp với nhu cầu người mua.