Là hoạt động tự mua, bán chứng khoán cho chính mình để hưởng lợi nhuận.
Hoạt động này công ty phải tự chịu trách nhiệm với quyết định của mình, tự gánh chịu rủi ro từ quyết định mua, bán chứng khoán. Hoạt động này thường song hành với hoạt động môi giới. Vì vậy, khi thực hiện hai hoạt động này có thể dẫn đến xung đột về lợi ích giữa một bên là lợi ích của khách hàng, một bên là lợi ích của công ty chứng khoán. Để tránh trường hợp này, thông thường các thị trường đều có chính sách ưu tiên thực hiện lệnh của khách hàng trước khi thực hiện lệnh của công ty chứng khoán.
Đối với một số thị trường, hoạt động đầu tư của công ty chứng khoán được gắn liền với hoạt động tạo lập thị trường. Các công ty chứng khoán thực hiện hoạt động đầu tư thông qua việc mua bán trên thị trường có vai trò định hướng và điều tiết hoạt động của thị trường. Góp phần bình ổn giá cả trên thị trường.
Giao dịch tự doanh được thực hiện theo phương thức giao dịch trực tiếp hay gián tiếp.
Giao dịch trực tiếp:
Là các giao dịch “trao tay” giữa khách hàng và công ty chứng khoán theo giá thỏa thuận trực tiếp. Các đối tác giao dịch do các tổ chức tự “đấu mối”, họ có thể là cá nhân hay tổ chức (chủ yếu là các công ty chứng khoán). Thời gian giao dịch thường được thực hiện trong và ngoài giờ giao dịch của Sở (Trung tâm) giao dịch. Chứng khoán giao dịch rất đa dạng (chủ yếu là chứng khoán
không niêm yết, chứng khoán mới phát hành).
Các đối tác giao dịch thường trực tiếp thực hiện các thủ tục thanh toán và chuyển nhượng chứng khoán. Vì vậy, trong giao dịch này không có bất kỳ một loại phí nào, riêng phí thanh toán do bên thụ hưởng chịu, phí chuyển khoản chứng khoán do bên chuyển nhượng chịu.
Các hoạt động này không chịu sự giám sát của Sở (trung tâm) giao dịch nhưng chịu sự giám sát của Thanh tra Nhà nước về chứng khoán.
Doanh số giao dịch trực tiếp lớn gấp bội lần doanh số giao dịch trên Sở (trung tâm) giao dịch (thường chiếm 85- 90% doanh số giao dịch của thị trường).
Giao dịch gián tiếp:
Là các giao dịch mà công ty chứng khoán không thể thực hiện được bằng giao dịch trực tiếp để đảm bảo an toàn khi giá chứng khoán có biến động lớn và đôi khi có thể vì mục đích can thiệp vào giá thị trường.
Thao tác giao dịch này cũng được thực hiện tương tự như giao dịch theo ủy thác, hay nói cách khác, trên Sở (trung tâm) giao dịch không có sự phân biệt giao dịch theo ủy thác và giao dịch tự doanh.
Do giao dịch qua Sở (trung tâm) giao dịch, nên công ty chứng khoán phải chịu các chi phí môi giới lập giá, chi phí thanh toán bù trừ và lưu ký chứng khoán.