Dấu hiệu “Traphaco” được sử dụng lần đầu tiên ngày 16/05/1994 trong quyết định số 666 QĐ/TCCB-LĐ về việc ”đổi tên Xí nghiệp dược phẩm Đường sắt thành Công ty dược trực thuộc sở Y tế Bộ GTVT có tên giao dịch quốc tế bằng tiến Anh là TRAPHACO”. Kể từ thời điểm ban hành quyết định này, dấu hiệu Traphaco trở thành tên giao dịch quốc tế của công ty trong các giai đoạn phát triển và chuyển đổi, ngày nay dấu hiệu này là yếu tố phân biệt quan trọng nhất trong tên giao dịch của công ty cổ phần Traphaco.
Ngay từ khi đó dấu hiệu “Traphaco” được thiết kế thêm phần hình và chính thức được sử dụng làm nhãn hiệu cho các sản phẩm do Công ty sản xuất. Ngày 28/04/1999, nhãn hiệu “Traphaco, hình” đã được cấp giấy chứng nhận đăng ký NHHH số 30763. Nhãn hiệu này bao gồm phần hình chữ “R” được thể hiện cách điệu nằm trong hình lục giác, bên phải có chữ “Traphaco”.
Sau cổ phần hóa năm 1999 Công ty đã sử dụng thống nhất và xây dựng Traphaco trở thành nhãn hiệu chủ cho gần 200 sản phẩm với các nhãn hiệu riêng khác như: Hoạt huyết Dưỡng não, Sáng mắt, Nhân sâm tam thất, Boganic, Ampelop, Cadef, Lục vị ẩm, Levigatus,.... Danh mục các nhãn hiệu hàng hóa đã nộp đơn và được cấp đăng ký hiện nay trên 130 cho thấy dấu hiệu “Traphaco, hình” được sử dụng trên bao bì của các sản phẩm của Công ty đều được đăng ký bảo hộ độc quyền dưới các dạng nhãn hiệu hàng hóa. Ngoài ra, nhãn hiệu “Traphaco, hình” là một yếu tố gắn liền trên 7 kiểu dáng Công nghiệp đã được đăng ký bảo hộ độc quyền của công ty.