Địa hình khu vực mỏ trải qua nhiều năm khai thác đã thay đổi nhiều so với địa hình nguyên thủy, không còn những thảm thực vật phủ trên bề mặt, thay vào đó là các moong khai thác sâu và đồi thải cao. Nơi cao nhất là đỉnh Cao Sơn ở phía Nam (+437m) thấp nhất là thung lũng suối Đá Mài hình thành từ đới phá hủy của nƣớc ngầm ở phía Bắc và Đông Cao Sơn (+20; +30m). Đáy moong thấp nhất hiện tại ở mức: -75m (khu Tây Cao Sơn).
Nguồn tài nguyên rừng và hệ sinh thái ở khu vực mỏ Cao Sơn rất nghèo nàn, thực vật ở các khu vực không khai thác có lớp thực bì phát triển khá nhanh về mùa mƣa, mùa khô kém phát triển. Trong ranh giới mỏ có một số loài thực vật nhỏ, thƣa thớt, ít có giá trị nhƣ: Mua lông (Melastorna sanguincum), Me rừng (Phyllanthusem bilica), cỏ Tranh (Imperata cylindrica), Lách (Miscanthus florbundus), Sậy (Neyraudia reynaudiana), Sim (Rhodomyrtus tomentosa)…. Ở các khu vực mỏ quản lý không có động vật rừng quý hiếm thuộc nhóm I và nhóm II sinh sống theo Nghị định số 18/HĐBT ngày 17/1/1992 của Hội đồng Bộ trƣởng.
Hệ thống suối trong khu vực mỏ hiện không còn tồn tại, nƣớc mƣa chảy theo các mƣơng rãnh thoát nƣớc của mỏ về phía Bắc rồi đổ vào suối Đá Mài. Từ cầu Giám Đốc suối Đá Mài chảy qua phía Bắc mỏ Cao Sơn về ngã ba cầu Trung Quốc rồi nhập với suối Bàng Nâu và đổ vào thƣợng nguồn sông Mông Dƣơng. Đoạn suối này có lòng suối rộng từ 1030m, chiều sâu lòng suối từ 1,53m. Suối Đá Mài là suối thoát nƣớc chính cho các mỏ Cao Sơn, Khe Chàm, Đông Đá Mài, Tây Nam Đá Mài. Do suối Đá Mài chảy qua các khu vực khai thác lộ thiên của nhiều đơn vị nên chịu ảnh hƣởng nặng nề của việc trôi lấp các bãi thải, lòng suối bị bồi lắng trung bình từ 2,53,2m so với lòng suối nguyên thuỷ, nhiều đoạn lòng suối bị thu hẹp làm giảm khả năng thoát nƣớc của suối gây úng ngập một số khu vực khai thác và mặt bằng một số mỏ trong khu vực (Hình 2.1 phần phụ lục).