Hiện nay, Luật NSNN quy định trong chi ĐTPT và chi thường xuyên có mức chi cụ thể cho các lĩnh vực giáo dục và đào tạo, KH&CN. Do đó khi Bộ TC ra quyết định giao dự toán chi NSNN hàng năm đều có mức chi cụ thể cho 2 lĩnh vực giáo dục và đào tạo, KH&CN ở mục chi ĐTPT và chi thường xuyên. Tuy nhiên, Bộ KH&ĐT ra quyết định giao dự toán chi NSNN hàng năm đều không có mục chi ĐTPT cho KH&CN. Dẫn đến một số địa phương do khó khăn nên đã tùy tiện bố trí nguồn vốn này vào mục đích khác. Ví dụ, tỉnh Ninh Bình, Hà Nam…trong 3 năm liền 2010 – 2012 gần như không sử dụng kinh phí này cho KH&CN. Tại một số địa phương, thiếu sự phối hợp giữa các Sở KH&CN, Sở KH&ĐT, Sở TC… trong công tác tổng hợp kế hoạch, phân bổ và giao kế hoạch vốn ĐTPT từ ngân
43 sách cho địa phương.
Chưa có nội dung quy định riêng về nguyên tắc, tiêu chí, định mức phân bổ vốn ĐTPT từ ngân sách dành cho KH&CN, nên hàng năm, việc phân bổ phần kinh phí này cho các địa phương vẫn được thực hiện như các lĩnh vực khác, không phù hợp với đặc thù KH&CN.
Cơ cấu trong dự toán chi 2% ngân sách cho KH&CN thời gian qua có xu hướng giảm chi thường xuyên, giảm chi ĐTPT và tăng chi cho quốc phòng – an ninh, dự trữ.
Hình 2.2. Phân bổ NSNN cho KH&CN bình quân trong giai đoạn 2006-2013
Mặt khác, trong tổng kinh phí ĐTPT từ ngân sách cho KHCN lại “cào bằng” 50-50 giữa các tổ chức KH&CN khối Trung ương và khối địa phương. Trong khi khối Trung ương có tiềm lực KH&CN mạnh hơn. Điều đó dẫn đến tình trạng, tổ chức KH&CN khối Trung ương cần đầu tư thì thiếu vốn; ngược lại, địa phương đã dùng vốn này để đầu tư cho các dự án không thuộc lĩnh vực KH&CN. Trong giai đoạn 2006-2013, bình quân chi ĐTPT của NSTƯ là 16.059 tỷ đồng (49%) và NSĐP là 16.479 tỷ đồng (51%). Trong giai đoạn 2006 – 2012, tỷ lệ giải ngân bình quân của 63 địa phương chỉ đạt gần 40% kế hoạch. Còn năm 2013 đạt 65,3% kế hoạch.