Mặc dù cải cách công tác quản lý đầu tư từ ngân sách Nhà nước đã diễn ra trên mọi góc độ trong hơn 20 năm đổi mới nền kinh tế từ phân cấp quản lý, đến phân bổ, quản lý giá và vấn đề cấp phát, thanh toán vốn đầu tư...nhưng công tác chỉ đạo giám sát việc thực thi các dự án đầu tư phát triển còn hạn chế, làm chậm tiến độ thi công. Việc giải phóng mặt bằng còn nhiều bất cập, các doanh nghiệp cần sử dụng hiệu quả phần nguồn vốn thu được từ đấu giá quyền sử dụng đất để tạo Quỹ giải phóng mặt bằng, xây dựng các khu tái định cư.
Một vấn đề khác trong cơ chế quản lý là những năm qua, rất nhiều quy định được sửa đổi, bổ sung. Nhiều điểm sửa đổi giúp cho việc hoàn thiện và chặt chẽ quy chế hơn nhưng lại gây khó cho cơ sở. Ví dụ, một chủ dự án vừa thực hiện xong một bộ hồ sơ lại phải tiếp tục thay bộ hồ sơ khác vì có một văn bản khác ra đời. Điều này đã làm chậm quá trình thực hiện, chậm quá trình giải ngân. Nếu là cơ chế phải có tính dài hơi, vì vậy, cần có sự chuẩn bị thấu đáo trong quá trình xây dựng cơ chế.
Một vấn đề gây ra tình trạng quản lý đầu tư kém hiệu quả là chất lượng quy hoạch và thiếu công khai minh bạch thông tin. Việc quản lý đầu tư theo quy hoạch hiện nay là rất khó. Quy hoạch của Chính phủ cho phép các bộ ngành, địa phương tự phê duyệt. Như vậy, người có đủ thẩm quyền phê duyệt cũng có đủ thẩm quyền quy hoạch, gây ra những vấn đề bất ổn…
Chương III. Định hướng và giải pháp nhằm tăng cường hiệuquả hoạt động Đầu tư phát triển trong DN quả hoạt động Đầu tư phát triển trong DN