Hệ thống thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu là tổng hợp cỏc văn bản phỏp luật quy định về cỏc sắc thuế khỏc nhau mà giữa chỳng cú mối liờn hệ mật thiết với nhau nhằm vào hàng hoỏ xuất nhập khẩu và hệ thống cơ quan quản lý thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu (Tổng cục Hải quan, Cục Hải quan tỉnh, thành phố; Chi cục Hải quan trực thuộc Cục Hải quan tỉnh, thành phố)
Như vậy, hệ thống thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu của quốc gia phải trải qua thời gian và nhiều lần cải cỏch thỡ mới hoàn thiện, đầy đủ và đảm bảo những nguyờn tắc của hệ thống thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu tối ưu, thực hiện những mục tiờu mà Nhà nước đặt ra. Đi cựng với quỏ trỡnh đổi mới hệ thống thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, hoạt động quản lý của cơ quan Hải quan cũng cần được cải tiến cho phự hợp với yờu cầu của Tổ chức Hải quan Thế giới và tiến trỡnh tự do hoỏ thương mại trờn thế giới.
Trong xu hướng toàn cầu hoỏ và hội nhập kinh tế quốc tế thỡ khụng thể quốc gia nào cú thể tỏch riờng độc lập trong thương mại quốc tế. Quản lý thu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu của mỗi quốc gia cũng giỏn tiếp chịu ảnh hưởng của quỏ trỡnh hội nhập này. Hệ thống thuế quan chịu ảnh hưởng rất lớn bới cỏc quy định, luật lệ, cam kết quốc tế mà quốc gia đú là thành viờn. Theo phạm vi tỏc động cú thể chia ra ba nhúm tỏc động như sau:
+ Ảnh hưởng của cỏc hiệp định, cam kết chung của Tổ chức thương mại thế giới (WTO) tới hệ thống thuế quan của một nước. Hiện nay WTO đó cú 160 thành viờn ( tớnh đến ngày 26/6/2014 ) nờn việc điều chỉnh thuế quan của một quốc gia sẽ ảnh hưởng tới nhiều quốc gia khỏc. Hải quan Việt Nam cũng là thành viờn của Tổ chức Hải quan thế giới (WCO) nờn phải tuõn thủ những hiệp định, cam kết đó ký kết.
+ Ảnh hưởng của cỏc hiệp định, cam kết khu vực, liờn kết kinh tế tới hệ thống thuế quan của một quốc gia. Do phạm vi tỏc động của cỏc hiệp định, cam
kết chỉ giới hạn trong phạm vi cỏc nước tham gia liờn kết kinh tế, nờn việc xõy dựng hệ thống thuế quan của một nước sẽ chịu ảnh hưởng chủ yếu bởi cỏc yếu tố trong khu vực.
+ Ảnh hưởng của cỏc hiệp định, cam kết song phương tới hệ thống thuế quan của quốc gia đú. Do phạm vi tỏc động của nú chỉ diễn ra giữa hai quốc gia nờn việc xõy dựng hệ thống thuế quan thường chỳ trọng vào việc đảm bảo hài hoà lợi ớch quốc gia với lợi ớch của đối tỏc. Việc điều chỉnh thuế quan nhiều khi cũng chỉ diễn ra ở một số ngành, lĩnh vực mà cả hai cựng quan tõm.
Túm lại, hệ thống thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu hay chớnh sỏch bảo hộ sản xuất của một quốc gia sẽ ảnh hưởng giỏn tiếp đến quản lý thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu của cơ quan Hải quan.