Phương pháp thẩm định quyết định tính chính xác của công tác thẩm định. Ngân hàng không qui định nội dung nào thì dùng phương pháp thẩm định nào mà đối với từng DA khác nhau CBTĐ cần vận dụng và kết hợp linh hoạt các phương pháp thẩm định để việc thẩm định đạt kết quả tốt nhất.
Đối với những DA trung – dài hạn do đặc điểm là những DA lớn và phức tạp, các khía cạnh của DA như khía cạnh kỹ thuật, tài chính… có mối liên hệ chặt chẽ với nhau và có ảnh hưởng rất lớn đến DA, nên CBTĐ cần kết hợp nhiều phương pháp thẩm định, có thể một nội dung mà sử dụng nhiều phương pháp để kiểm chứng. Qua đó tránh được sự sai lệch của từng phương pháp thẩm định.
Ví dụ như trong trường hợp phân tích độ nhạy của DA thì có thể sử dụng thêm phương pháp phân tích tình huống. Ngân hàng có thể yêu cầu CĐT đưa ra những phương án tốt nhất cho DA (công suất, giá bán đạt cao nhất, vốn đầu tư thấp… ) và phương án xấu nhất của DA (công suất thấp, giá bán thấp, vốn đầu tư lớn…). Tính được xác suất xảy ra từng phương án và sau đó so sánh với trường hợp đã được dự tính trong DA để đánh giá mức độ rủi ro lớn nhất hoặc thấp nhất của DA.
Phương pháp chuyên gia cần được chú trọng hơn trong công tác thẩm định. Các cán bộ có thể tham khảo các ý kiến của những chuyên gia trên các phương tiện thông tin, đặc biệt là trên Internet. Đối với các DA có tính đặc thù cao, quy mô đầu tư lớn, cần thuê chuyên gia đánh giá những lĩnh vực đó để có được những kết luận chính xác.
Trong một số các DA phức tạp và cần có tính thực tế cao cần phải cử cán bộ có kinh nghiệm và có trình độ cao trực tiếp xuống đơn vị KH, tiếp xúc với CĐT, đi kiểm tra thực tế của DA. Các CBTĐ trẻ tuổi cần được hướng dẫn, kèm cặp bởi các cán bộ dày dạn kinh nghiệm để họ có thể pháp huy khả năng, trình độ và sự nhạy bén của mình trong công việc.
Cần cập nhật các phương pháp thẩm định mới để áp dụng tại chi nhánh, tham khảo các phương pháp thẩm định áp dụng tại các ngân hàng khác. Kiến nghị trong phân tích tài chính DA sử dụng phương pháp phân tích Doupon.