Bên cạnh việc thu thập thông tin thì việc lựa chọn phương pháp thẩm định cũng rất quan trọng. Đó là việc lựa chọn các chỉ tiêu đánh giá, cách thức xử lý thông tin một cách khoa học, tiên tiến, phù hợp với từng DA cụ thể giúp cho CBTĐ phân tích, tính toán hiệu quả tài chính DA nhanh chóng, chính xác, dự báo các khả năng có thể xảy ra trong tương lai để tránh được các rủi ro.
- Phương pháp thẩm định: việc thẩm định DA có thể tiến hành theo nhiều phương pháp khác nhau tùy thuộc vào nội dung của DA xem xét. Việc lựa chọn phương pháp thẩm định phù hợp đối với từng DA là một yếu tố quan trọng để nâng cao chất lượng thẩm định. Các phương pháp thẩm định thường được sử dụng đó là phương pháp so sánh, phương pháp thẩm định theo trình tự…
- Tiêu chuẩn thẩm định: để thẩm định DA, vấn đề quan trọng và cần thiết là việc sử dụng các chỉ tiêu kinh tế kĩ thuật, mặc dù trong thẩm định DA cũng có những vấn đề được phân tích lựa chọn trên cơ sở định tính. Việc sử dụng các chỉ tiêu kinh tế kĩ thuật cần thiết phải giải quyết hai vấn đề là định lượng và xây dựng tiêu chuẩn để đánh giá các chỉ tiêu đó. Để có cơ sở đánh giá DA thì việc nghiên cứu xây dựng các chỉ tiêu hoặc các chỉ tiêu hướng dẫn là rất cần thiết, trước hết là các chỉ tiêu về tài chính và tiêu chuẩn đánh giá hiệu quả DA như: tỷ lệ chiết khấu áp dụng cho từng loại DA, thời gian hoàn vốn tiêu chuẩn, hệ số đảm bảo trả nợ, suất đầu tư hoặc suất chi phí cho mỗi loại công trình, hạng mục công trình… Đây là những điểm phải được đặc biệt chú ý đối với các cơ quan quản lý đầu tư tổng hợp như các bộ và từng địa phương.