Đây là một phương pháp phổ biến, đơn giản, được áp dụng rộng rãi trong việc thẩm định các khía cạnh một DAĐT. Sử dụng phương pháp so sánh các chỉ tiêu nhằm đánh giá tính hợp lý và tính ưu việt của DA để có sự đánh giá đúng khi thẩm định DA. Từ đó, có thể rút ra các kết luận đúng đắn về DA để ra quyết định đầu tư được chính xác.
Áp dụng trong thẩm định các nội dung: Thẩm định pháp lý của CĐT và tính pháp lý DAĐT; Thẩm định khía cạnh kỹ thuật của DA (so sánh các tiêu chuẩn kỹ thuật của DA về công nghệ thiết bị… cần thẩm định với những quy chuẩn hiện hành của Nhà nước hoặc của thế giới); Thẩm định khía cạnh tài chính DA (tính toán các chỉ tiêu tài chính DA, so sánh các chỉ tiêu này với các chỉ tiêu hiệu quả tài chính để xác định DA có khả thi về mặt tài chính hay không); Thẩm định khía cạnh xã hội.
Khi sử dụng phương pháp này, thường so sánh các chỉ tiêu sau: Tiêu chuẩn thiết kế, xây dựng, các tiêu chuẩn về công trình do pháp luật quy định; Tiêu chuẩn về khoa học, công nghệ, thiết bị trong quan hệ chiến lược đầu tư công nghệ quốc gia, quốc tế; Tiêu chuẩn đối với loại sản phẩm của DA mà thị trường đòi hỏi.
Cần chú ý trường hợp có nhiều chỉ tiêu của DA, tùy từng loại DA có thể lựa chọn ra những chỉ tiêu quan trọng, cơ bản để xem xét kỹ. Điều đó giúp cho người thẩm định đi đúng trọng tâm, rút ngắn được thời gian mà vẫn đáp ứng được yêu cầu chất lượng của công tác thẩm định.