Thực hiện hợp đồng là bước triển khai các cam kết, nghĩa vụ của mỗi bên để đáp ứng quyền lợi của bên kia như thanh toán tiền giao dịch, triển khai các hoạt động hỗ trợ doanh nghiệp của đối tác chiến lược… Có những hợp đồng, thời gian từ khi giao kết đến khi thực hiện xong các nghĩa vụ và trách nhiệm của mỗi bên không phải thời gian ngắn. Do vậy, nếu không có những dự liệu chính xác về các vướng mắc và những rủi ro có thể gặp trong quá trình thực hiện hợp đồng thì rất dễ dẫn đến sự vi phạm hợp đồng của một hoặc hai bên, mặc dù đó có thể là do nguyên nhân khách quan, không phải do sự cố tình của bên vi phạm.
Vấn đề thực hiện hợp đồng mua bán doanh nghiệp tại Việt Nam đang gặp nhiều trở ngại trong các thủ tục đăng ký sau khi chuyển quyền sở hữu, nhưng điều đáng băn khoăn lại ở góc độ thực tiễn hơn, đó là khoảng trống về
pháp lý trong các quy trình thực hiện hoạt động này chưa thật sự rõ ràng và đầy đủ. Nhiều doanh nghiệp cho biết hoạt động này còn quá mới ở Việt Nam, không chỉ mới với các doanh nghiệp Việt Nam mà ngay cả nhiều Công ty tư vấn cũng còn lúng túng trong vấn đề này do hành lang pháp lý chưa thật đẩy đủ. Các quy định hiện có trong Luật Doanh nghiệp cũng chỉ mang tính khái lược và chưa có những quy trình cụ thể để thực hiện tiến trình này. Có lẽ đây cũng là một trong những nguyên nhân khiến tỷ lệ thành công trong các giao dịch mua bán doanh nghiệp của các doanh nghiệp không cao, trong khi các hình thức sáp nhập để thành lập các Tổng công ty lớn của nhà nước diễn ra khá rầm rộ trong thời gian qua lại chưa có được sự phân tích công khai về góc độ tập trung kinh tế. Nhiều doanh nghiệp đang lựa chọn những đường đi khác, như là trở thành đối tác chiến lược - một hình thức sáp nhập theo chiều chéo, thay vì chính thức bắt tay vào quy trình để thực hiện mua bán doanh nghiệp.
Riêng đối với các hoạt động mua bán doanh nghiệp có yếu tố nước ngoài, doanh nghiệp nước ngoài cần chú ý thêm quy định trong Luật Đầu tư năm 2005, theo đó nhà đầu tư nước ngoài lần đầu tiên đầu tư vào Việt Nam phải nộp dự án đầu tư trong hồ sơđề nghị cấp Giấy chứng nhận đầu tư đồng thời là Giấy đăng ký kinh doanh. Đây là một điều khoản gây tranh cãi, đặc biệt đối với trường hợp nhà đầu tư nước ngoài gia nhập thị trường thông qua mua bán doanh nghiệp. Thực hiện mua lại doanh nghiệp rõ ràng là một hành vi đầu tư, nhưng nếu đòi hỏi lập dự án đầu tư cho một vụ M&A như vậy quả thật là điều rất khó. Như vậy, kế hoạch phát triển của doanh nghiệp được đầu tư và dự án đầu tư mà luật đòi hỏi có trùng nhau không? Trong trường hợp nhà đầu tư nước ngoài mua lại bằng hoặc lớn hơn 49% cổ phần/phần vốn góp của công ty mục tiêu, công ty đó phải điều chỉnh đăng ký lại như một công ty có vốn đầu tư nước ngoài; trong trường hợp đó, liệu họ có nên nhận Giấy chứng nhận đầu tưđồng thời là Giấy đăng ký kinh doanh? Trường hợp, nhà đầu tư nước ngoài mua lại số cổ phần hoặc phần vốn góp nhỏ hơn 49%, họ sẽ
nhận được Giấy chứng nhận đầu tư cho phần đầu tư của họ, nhưng không thể gọi là "đồng thời là Giấy đăng ký kinh doanh" vì họ không tạo ra một doanh nghiệp mới.
Không những thế, do những văn bản hướng dẫn thủ tục chuyển nhượng doanh nghiệp theo hình thức mua bán vẫn chưa có văn nào hướng dẫn nên nhiều trường hợp thỏa thuận về mua bán doanh nghiệp hiện vẫn đang bị "treo", điều này gây nhiều khó khăn cho các nhà đầu tư.