Hợp đồng mua bán doanh nghiệp liên quan đến việc bán một thực thể kinh doanh và sau khi mua một doanh nghiệp phải giải quyết hàng loạt các vấn đề liên quan đến thực thể kinh doanh đó, vì vậy đối tượng mua bán trong
hợp đồng mua bán doanh nghiệp không phải là tài sản thông thường như trong các hợp đồng mua bán tài sản khác. Đối tượng trong hợp đồng mua bán doanh nghiệp cũng khác nhau tùy theo hình thức mua bán mà các bên xác lập. Theo Luật Doanh nghiệp thì có hai hình thức mua doanh nghiệp được ghi nhận là: mua doanh nghiệp tư nhân và chuyển nhượng vốn góp trong các pháp nhân hữu hạn. Đối với hình thức mua bán doanh nghiệp tư nhân, thực chất là việc mua bán một phần sản nghiệp của chủ doanh nghiệp tư nhân. Vì vậy, đối tượng của hợp đồng mua bán doanh nghiệp trong trường hợp này là phần giá trị tài sản chênh lệch tạo ra một phần sản nghiệp của chủ doanh nghiệp cũ mà không phải là phần tài sản của bản thân doanh nghiệp. Đối với hình thức chuyển nhượng toàn bộ vốn góp trong các pháp nhân hữu hạn (chuyển nhượng giữa pháp nhân này với pháp nhân khác) bao gồm công ty TNHH và công ty cổ phần thì đối tượng của hợp đồng mua bán doanh nghiệp là giá trị phần tài sản còn lại của chính doanh nghiệp được thể hiện theo giá trị của cổ phần hoặc giá trị của phần vốn góp của các chủ sở hữu vốn cũ.
Trong trường hợp mua bán doanh nghiệp được xác định là một hình thức đầu tư trực tiếp của nhà đầu tư nước ngoài tại Việt Nam thì đối tượng của hợp đồng mua bán là giá trị của các cổ phiếu mua được trong các doanh nghiệp Việt Nam đủ để thực hiện quyền kiểm soát và chi phối doanh nghiệp đó. Ngoài ra, theo quy định tại Nghị định 108/2006/NĐ-CP ngày 22/9/2006 quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Đầu tư, trường hợp chuyển nhượng dự án gắn với việc chấm dứt hoạt động đầu tư kinh doanh của tổ chức kinh tế chuyển nhượng thì việc chuyển nhượng dự án này phải tuân thủ điều kiện, thủ tục sáp nhập, mua lại doanh nghiệp. Như vậy, dự án được chuyển nhượng trong trường hợp này cũng được xem như một trong các đối tượng của hợp đồng mua bán doanh nghiệp.
Như vậy, các trường hợp mua bán doanh nghiệp giữa các công ty cổ phần hoặc công ty TNHH hiện chưa được quy định cụ thể và các bên trong
giao dịch mua bán doanh nghiệp ngầm hiểu với nhau thông qua việc chuyển nhượng vốn góp hoặc chuyển nhượng cổ phần. Tuy nhiên, nếu mua bán doanh nghiệp chỉ được hiểu đơn giản là một hình thức chuyển nhượng vốn góp hoặc mua cổ phần thông thường thì không chuyển tải hết ý nghĩa của giao dịch này. Vì thực chất một giao dịch mua bán doanh nghiệp còn liên quan đến việc tái cấu trúc và sắp xếp lại doanh nghiệp. Do vậy, giao dịch này không thể xem như các hình thức đầu tư thông thường khác. Chính vì chưa được xác định cụ thể thế nào là một giao dịch mua bán doanh nghiệp và điều kiện để các bên giao kết hợp đồng mua bán như thế nào nên các hình thức mua bán doanh nghiệp tại Việt Nam đang tồn tại dưới nhiều dạng khác nhau và rất khó xác định, chủ yếu vẫn phải phụ thuộc vào bản chất của từng điều khoản trong hợp đồng của các bên.
Hơn nữa, khi tham gia giao dịch mua bán doanh nghiệp, bên mua luôn quan tâm đến việc sở hữu và quản lý doanh nghiệp. Các nhà đầu tư luôn quan tâm đến việc họ sẽ được sở hữu bao nhiêu phần trăm cổ phần của doanh nghiệp. Với tỷ lệ cổ phần đó, họ sẽ có quyền gì trong việc đưa ra quyết định quan trọng cho doanh nghiệp. Theo Luật Doanh nghiệp Việt Nam, các quyết định quan trọng của doanh nghiệp cần có quyết định của Đại hội Cổ đông thì phải có số cổ đông nắm giữ ít nhất 65% cổ phần của doanh nghiệp chấp thuận. Ngoài ra, mỗi một đại diện cho một phần vốn góp vào doanh nghiệp được bầu vào Hội đồng quản trị đều có một phiếu biểu quyết ngang nhau cho các quyết định của Hội đồng này. Tuy nhiên, tỷ lệ đóng góp cổ phần của các nhà đầu tư lớn rất không khả thi để đạt được con số 65%, và trong trường hợp các nhà đầu tư lớn có đại diện là thành viên Hội đồng quản trị thì với số phiếu ít ỏi là một phiếu, họ làm thế nào để có thể góp được tiếng nói trong các vấn đề về quản trị của doanh nghiệp?
Trên thực tế, các nhà đầu tư sẽ có rất nhiều cách để tham gia vào các vấn đề quản lý của công ty. Trước hết, họ phải tìm được tiếng nói chung,
đồng thuận với chủ sở hữu cũ của doanh nghiệp trong các vấn đề này. Thứ hai, nhà đầu tư có thể tìm cách thương lượng để trong hợp đồng có những điều khoản ràng buộc rằng một số vị trí chủ chốt trong doanh nghiệp sẽ do họ lựa chọn và chỉ định, ví dụ như giám đốc tài chính, giám đốc kinh doanh, giám đốc sản xuất, giám đốc bán hàng, hay thậm chí là giám đốc công nghệ thông tin. Những vị giám đốc này có thể đảm bảo minh bạch cho các nhà đầu tư ở các khâu then chốt cần có sự minh bạch hóa hoặc kiểm soát đầu ra, đầu vào của doanh nghiệp. Cùng với phương pháp này, nhà đầu tư thường thương lượng để tạo ra việc phân quyền khi ra các quyết định chính hoặc một số quyết định quan trọng cho những người cấp dưới. Những quyền này, tất nhiên, theo luật pháp, không nhất thiết phải được quyết định bởi Hội đồng quản trị hay Đại hội cổ đông.
Chính vì lý do đó, việc định nghĩa mua lại doanh nghiệp là mua một phần hoặc toàn bộ tài sản của doanh nghiệp đủ để kiểm soát doanh nghiệp bị mua lại theo Luật Cạnh tranh quy định là chưa đầy đủ. Vì hiện nay vẫn rất nhiều giao dịch mua bán doanh nghiệp mà tỷ lệ sở hữu cổ phần dưới mức chi phối nhưng bên mua vẫn nắm quyền quản lý và kiểm soát thông qua nhiều hình thức khác nhau như đã đề cập ở trên.
Bên cạnh đó, việc xác định loại hình mua bán doanh nghiệp hiện nay vẫn còn nhiều vướng mắc và chưa rõ ràng. Cụ thể là những quy định trong Nghị định 139/2007/NĐ-CP hướng dẫn thi hành chi tiết về vấn đề chuyển đổi công ty, trong đó quy định hình thức chuyển đổi từ công ty TNHH hai thành viên thành công ty TNHH một thành viên. Theo Nghị định này, một công ty TNHH hai thành viên có thể chuyển đổi thành công ty TNHH một thành viên do một cá nhân hoặc một tổ chức làm chủ. Rõ ràng, hình thức chuyển đổi này không được Luật Doanh nghiệp năm 2005 quy định. Việc Nghị định 139 quy định hình thức chuyển đổi này đã dẫn đến mâu thuẫn giữa Nghị định với Luật Doanh nghiệp. Mặc dù, quy định như Nghị định là hợp lý, vì nếu xét trên
phương diện tư cách pháp lý của doanh nghiệp, thì cho dù tồn tại dưới loại hình công ty TNHH một thành viên hay là hai thành viên, thì công ty đều có tư cách pháp nhân và thành viên công ty hay chủ sở hữu chỉ chịu TNHH. Thế nhưng, việc quy định một hình thức chuyển đổi mà Luật Doanh nghiệp 2005 không quy định đã dẫn đến tình trạng chồng chéo, mâu thuẫn giữa các văn bản pháp luật, làm cho giá trị hiệu lực của Luật Doanh nghiệp 2005 bị giảm sút. Và trên thực tế, nếu một công ty TNHH hai thành viên nào đó muốn chuyển đổi thành công ty TNHH một thành viên mà không có sự thống nhất giữa các thành viên thì công ty cũng không chuyển đổi được, vì thành viên không muốn chuyển đổi sẽ sử dụng Luật Doanh nghiệp để chống lại các thành viên còn lại và khi cơ quan có thẩm quyền giải quyết tranh chấp thì Luật Doanh nghiệp năm 2005 sẽ là văn bản pháp lý có giá trị áp dụng, do có hiệu lực cao hơn và kết quả là công ty sẽ không được chuyển đổi.
Ngoài việc tạo ra sự mâu thuẫn với quy định của Luật Doanh nghiệp, Nghị định 139 sử dụng thuật ngữ chuyển đổi cũng chưa bao quát tất cả các
trường hợp. Vì thực tế, nếu một công ty TNHH hai thành viên chuyển đổi thành công ty TNHH một thành viên, thì khi đó chủ sở hữu công ty chỉ là một. Trong trường hợp này, chủ sở hữu công ty có thể là một thành viên của công ty hoặc là cá nhân, tổ chức khác không phải là thành viên của công ty. Trong trường hợp này, nếu chủ sở hữu là cá nhân, tổ chức không phải là thành viên công ty thì phải xác định là biện pháp bán doanh nghiệp chứ không phải chuyển đổi. Chuyển
đổi ở đây là chuyển đổi về hình thức pháp lý của công ty nhưng hành vi này chỉ được tiến hành sau khi hợp đồng mua bán doanh nghiệp giữa các bên được ký kết. Người tiến hành chuyển đổi hình thức pháp lý của công ty không phải là chủ sở hữu cũ mà là người mua lại công ty theo hợp đồng mua bán.