Nợ xấu là một biểu hiện của rủi ro tín dụng, một khi rủi ro xảy ra thì thiệt hại về mặt uy tín của ngân hàng là khó tránh khỏi. Đây là mối quan tâm lớn nhất của ngân hàng. Tình hình nợ xấu của NHNo & PTNT chi nhánh huyện Thới Lai có dấu hiệu tăng mạnh vào năm 2012 và có xu hƣớng giảm nhẹ nhƣng không đáng kể từ năm 2013. Nợ xấu tăng mạnh một phần do dƣ nợ gia tăng. Bên cạnh đó, tình hình kinh tế đầu năm 2012 có nhiều chuyển biến xấu, nợ xấu toàn ngành tăng cao. Nợ xấu lớn cũng đã làm tắc nghẽn dòng chu chuyển vốn trong nền kinh tế, ảnh hƣởng tiêu cực không chỉ với các TCTD mà còn cả các doanh nghiệp. Do bị đọng vốn trong nợ xấu, các TCTD không có điều kiện mở rộng tăng trƣởng tín dụng, khiến cho hoạt động sản xuất của nền kinh tế gặp khó khăn. Sang năm 2013, nợ xấu của ngân hàng giảm nhẹ. Nợ xấu 06 tháng đầu năm 2014 tiếp tục giảm so với cùng kỳ 2013. Nợ xấu có giảm nhƣng không mạnh bƣớc đầu đã đánh dấu hiệu quả khi bắt đầu thành lập công ty “quản lý tài sản của các tổ chức tín dụng Việt Nam (VAMC)” theo quyết định thành lập số 1459/QĐ-NHNN ngày 27/06/2013 của Thống đốc Ngân hàng Nhà nƣớc Việt Nam chính thức mua nợ xấu từ 1/10/2013. Bên cạnh đó cũng nhờ vào sự nổ lực trong công tác thẩm định tín dụng, các cán bộ tín dụng đã thực hiện tốt từ khâu lựa chọn khách hàng đến khâu theo dõi, giám sát và đôn đốc khách hàng trả nợ ngắn hạn.