Bên cạnh những thành công đã nêu ở trên, quy trình thủ tục hải quan của công ty Vinh Vân Minh Vân Hà Nội cũng còn tồn tại một số hạn chế như sau:
- Đội ngũ nhân viên của công ty:
Kinh nghiệm, năng lực của nhân viên chưa đồng đều trong khi kinh nghiệm làm việc là yêu cầu cơ bản để thực hiện tốt thủ tục hải quan. Không phải tất cả các nhân viên đều có thể áp mã hàng và tự tính thuế của hàng nhập khẩu một cách nhanh chóng, thành thạo hoặc biết đƣợc để nhập khẩu, xuất khẩu hàng hóa nào đó thì bộ chứng từ bắt buộc bao gồm những gì.
- Về hiệu quả của hoạt động nghiệp vụ:
+Việc xử lý các giấy tờ hoàn thiện hồ sơ hải quan còn chậm và thiếu sót. Đôi khi là do nhân viên của công ty chuẩn bị thiếu chứng từ hặc mở L/C sai về nội dung, không yêu cầu bên đối tác đưa đầy đủ những chứng từ cần thiết nên thời gian chuẩn bị bộ chứng từ của công ty thường kéo dài.
+Vệc thuê dịch vụ ngoài như: thuê phương tiện vận tải, thuê trung tâm kiểm định sau thông quan công ty vẫn còn thực hiện một cách thụ động. Không có sự chuẩn bị từ trước nên khi vấn đề phát sinh thì mới giải quyết dẫn đến hoạt động giữa công ty với các bên liên quan thiếu sự đồng nhất.
- Về cơ sở vật chất kỹ thuật, hệ thống công nghệ thông tin:
+Cơ sở vật chất kỹ thuật đảm bảo việc vận hành hệ thống để thực hiện thủ tục hải quan điện tử tại công ty chưa đầy đủ và đồng bộ. Trang thiết bị công nghệ còn thiếu, phần mềm ECUS5 có ứng dụng và thực hành gây ảnh hưởng tới quy trình vì còn một số lỗi nhỏ.
+Hệ thống thông tin có tốc độ xử lý chưa cao, nhiều lúc bị lỗi mạng nên việc trao đổi, liên lạc với đối tác nói chung và nội bộ công ty nói riêng bị gián đoạn, bị chậm gây khó khăn cho việc trao đổi thông tin.
- Về hệ thống cơ sở pháp luật áp dụng cho quy trình thủ tục hải quan điện tử của công ty:
+Hệ thống văn bản pháp luật liên quan đến quy trình thủ tục hải quan có nhiều điều khoản, hay sửa đổi khiến công ty không kịp cập nhật, khó vận dụng, khó triển khai.
+Luật về quản lý thuế còn rất nhiều bất cập, thiếu công bằng, minh bạch, chưa bảo vệ quyền lợi cho doanh nghiệp nói chung nên việc thực hiện nghĩa vụ nộp thuế và lệ phí của công ty diễn ra không thuận lợi.