Hồ sơ hải quan của doanh nghiệp sẽ được cơ quan hải quan phân ra làm 3 luồng: Luồng xanh, luồng vàng và luồng đỏ. Sau khi nhận được phản hồi về phân luồng hồ sơ hàng hóa, doanh nghiệp sẽ thực hiện các công việc sau:
- Nếu là luồng xanh
quan nhập khẩu (gồm những chứng từ đã được nêu tại bước chuẩn bị hồ sơ hải quan) đến chi cục hải quan mà doanh nghiệp đã khai báo (Công ty Vinh Vân Minh Vân Hà Nội khai báo thủ tục hải quan nhập khẩu phần lớn ở chi cục hải quan thành phố Hải Phòng) để nộp cho nhân viên hải quan rồi đóng dấu thông quan hàng hóa và đóng lệ phí hải quan.
+Sau khi đóng dấu thông quan, nhân viên sẽ đến cảng chứa hàng hóa của doanh nghiệp, đóng chi phí để hàng tại cảng, gặp nhân viên hải quan tại đó để xuất trình các chứng từ trong hồ sơ và tờ khai hải quan đã được đóng dấu thông quan hàng hóa để nhận giấy giải phóng hàng.
+Sau khi đã có giấy giải phóng hàng, nhân viên của công ty sẽ gặp thủ kho, xuất trình các giấy tờ, chuyển hàng của công ty lên phương tiện vận tải để chuyển hàng về kho của công ty.
- Nếu là luồng vàng:
+Khi nhận được phản hồi là luồng vàng, nhân viên khai báo sẽ xem lại hồ sơ hải quan thật kỹ lưỡng, chính xác với tờ khai hải quan mà doanh nghiệp đã khai cho chi cục hải quan. Nếu thấy cần thiết phải điều chỉnh thì làm đơn nộp tới chi cục hải quan nơi tiến hành thủ tục hải quan xin phép sửa chữa sai sót thông tin trên hồ sơ. Nếu thấy không cần thiết phải sửa hồ sơ, nhân viên của doanh nghiệp sẽ tiến hành các bước tiếp theo.
+Mang hồ sơ hải quan của doanh nghiệp đến chi cục hải quan mà doanh nghiệp đã khai báo để nhân viên hải quan tại đó kiểm tra trực tiếp hồ sơ.
+Sau khi kiểm tra chi tiết hồ sơ, nếu hàng hóa của doanh nghiệp được thông quan, nhân viên của công ty sẽ đến cảng chứa hàng của doanh nghiệp và thực hiện các công việc như ở bước 2 và bước 3 đối với luồng xanh.
+Nếu kết quả kiểm tra không cho thông quan, nhân viên sẽ xem xét lại hồ sơ hải quan của doanh nghiệp, và chỉnh sửa bỏ sung sao cho phù hợp với yêu cầu của cơ quan hải quan.
- Nếu là luồng đỏ
+Khi nhận được quyết định phân luồng đỏ từ phía chi cục hải quan, doanh nghiệp sẽ xuất trình hồ sơ chi tiết cho nhân viên hải quan tại chi cục hải quan mà công ty đăng ký làm thủ tục thông quan hàng nhập khẩu của mình, liên hệ với nhân viên hải quan được phân công kiểm tra thực tế hàng hóa của doanh nghiệp để được
kiểm tra thực tế hàng hóa. Khi nhân viên hải quan lấy mẫu kiểm tra, nhân viên công ty bắt buộc phải có mặt tại đó.
+Nếu kết quả giám định thực tế hàng hóa và kiểm tra chi tiết hồ sơ được thông quan, nhân viên của công ty sẽ đến cảng chứa hàng của doanh nghiệp và thực hiện công việc như ở 2 bước cuối đối với luồng xanh.
+Nếu hàng của công ty không được thông quan, công ty cần xem lại và thực hiện các yêu cầu từ cơ quan hải quan đối với hồ sơ cũng như hàng hóa của công ty.