Khó khăn lớn nhất của Công ty là thiếu vốn đặc biệt là vốn vay dài hạn, vốn đầu tư của Công ty chủ yếu là vốn tự có, vốn vay trung hạn. Bên cạnh đó việc sử dụng vốn còn chưa đạt được hiệu quả cao.
Do thiếu vốn nên việc đầu tư vào máy móc thiết bị còn gặp một số khó khăn, Công ty phải mua lại những thiết bị cũ mà những thiết bị này có nguy cơ hao mòn vô hình rất cao. Năng lực máy móc thiết bị thi công được đánh giá là khá hùng hậu nhưng nhiều loại máy móc chưa được đồng bộ nên chưa phát huy được hết công suất.
Về công tác quản lý máy móc thiết bị thi công: trang thiết bị nằm ở các công trường vùng sâu, vùng xa, đi lại khá khó khăn, nên việc duy trì, bảo dưỡng và cung ứng vật tư, trang bị không đáp ứng kịp, việc quản lý theo dõi điều chuyển máy móc thiết bị gặp khó khăn.
Thông qua hoạt động đầu tư cho đào tạo, số lượng và chất lượng nguồn nhân lực của Công ty đã được cải thiện đáng kể, tuy nhiên còn thiếu so với nhu cầu sản xuất kinh doanh của Công ty. Trình độ ngoại ngữ, tin học, kiến thức chuyên ngành của một bộ phận cán bộ công nhân viên còn chưa đáp ứng được yêu cầu thực tế. Để đáp ứng nhu cầu sản xuất kinh doanh, trong thời gian tới Công ty phải tiếp tục đào tạo và tuyển dụng bổ sung đội ngũ lao động hiện có.
Công tác lập dự án đầu tư cũng như mua sắm còn chậm, việc thực hiện các thủ tục đầu tư, đấu thầu đôi khi còn xảy ra sai sót, do đó làm giảm hiệu quả của hoạt động đầu tư.