Khi cuộc kháng chiến toàn quốc bắt đầu, Bộ giáo dục chủ trương di chuyển các trường trung học ở nơi đô thị đến vùng an toàn ở nông thôn để tiếp tục giảng dạy. Ở Hà Tĩnh, trường Trung học Phan Đình Phùng chuyển về xã Đại Thành (Cẩm Thành, Cẩm Xuyên) ngay khi thị xã Hà Tĩnh thực hiện chủ trương tiêu thổ kháng chiến.
Được một năm học, theo quyết định của sở Giáo dục Liên Khu IV do ông Phạm Đình Ái làm Giám đốc, nhà trường lại dời lên Đức Thọ cạnh trường Trung học Trần Phú. Hai trường trung học đầu tiên của tỉnh nay đặt tại một huyện, cả hai đều còn ít lớp, nên đã được Sở Giáo dục Liên khu IV cho sáp nhập lại làm một để việc dạy và học được tốt hơn. Trường mang tên là Trung học Phan Đình Phùng, do thầy giáo Nguyễn Quát làm quyền hiệu trưởng. Lúc này trường Trung học Phan Đình Phùng trở thành trường công lập duy nhất của tỉnh với quy mô: 3 lớp đệ nhất, 2 lớp đệ nhị, 2 lớp đệ tam và 2 lớp đệ tứ với đội ngũ giáo viên có năng lực: Hoàng Khắc Quảng (toán), Lê Quang Long (sinh vật). Trần Bá Thuyên (văn), Nguyễn Quát (pháp văn). Cuối năm 1948 trường mở thêm một lớp đệ tứ sư phạm để đào tạo giáo viên tăng cường cho các trường ở Bình - Trị - Thiên. Từ năm 1948 đến năm 1950, trong trường đã diễn ra các phong trào như:
- Phong trào thi đua học khá, học giỏi. Mặc dù hoàn cảnh kinh tế còn nhiều khó khăn (không ít học sinh phải ăn khoai, ăn sắn thay cơm), điều kiện học tập còn nhiều thiếu thốn: thiếu giấy, thiếu sách vở (thầy chép sách, dịch sách Pháp, đi tìm tài liệu văn học, sử học, địa lý, toán, lý, hóa, sinh; trò chép sách bài tập toán, lý… để làm), nhưng vốn có truyền thống hiếu học nhiều học sinh đã vươn lên học khá, học giỏi. Trong số học sinh giỏi hồi đó có Nguyễn Đình Tứ ở xã Sông Lộc - Can Lộc, ông tốt nghiệp THPT năm 1947- 1948 tại trường Phan Đình Phùng, Hà Tĩnh. Năm 1948- 1949, Nguyễn Đình
Tứ thi đỗ vào năm thứ nhất Trung học chuyên khoa Huỳnh Thúc Kháng. Đến năm sau Trường cho thi vượt lớp từ đệ nhất lên đệ tam chuyên khoa nhưng vẫn học tốt và thi đỗ thủ khoa trong kỳ thi tốt nghiệp.
- Phong trào tham gia dạy BDHV, đặc biệt trong thời gian nghỉ hè, học sinh được tổ chức thành các phân đoàn học sinh hè theo địa dư để dạy cho người chưa biết chữ. Mọi người hạ quyết tâm: trong một thời gian ngắn sẽ thanh toán nạn mù chữ cho người lớn tuổi trong tỉnh.
- Phong trào tòng quân của trường cũng khá sôi nổi, nhiều học sinh sẵn sàng xếp bút nghiên lên đường nhập ngũ chống thực dân Pháp, trong đó nhiều người sau này lập nên nhiều chiến công hiển hách.
- Phong trào tự tu: Mỗi học sinh có một quyển sổ tự tu để ghi ưu, khuyết điểm hang ngày. Cuối tuần tổ học tập góp ý kiến nhận xét nhằm rèn luyện đạo đức, tích cực thi đua học tập, sẵn sàng tòng quân.
Có thể nói, trường Phan Đình Phùng là một trong 14 trường THPT của vùng kháng chiến nên rất được sự quan tâm của Đảng và Chính phủ, của Liên khu IV và của tỉnh Hà Tĩnh. Năm 1949, trường đã đón các đoàn cán bộ cao cấp của Nhà nước như đoàn Thanh tra Chính phủ do cụ Hồ Tùng Mậu dẫn đầu, đoàn của Bộ Giáo dục do Thứ trưởng Nguyễn Khánh Toàn làm trưởng đoàn, đoàn của Sở Giáo dục Liên khu IV do ông Phạm Đình Ái và ông Hoàng Quý dẫn đầu đã đến thăm.
Trường Trung học Trần Phú là nhà trường vừa công lập, vừa dân lập, ra đời ở một vùng quê cách mạng hiếu học, phục vụ cho con em nhân dân 4 huyện phía bắc Hà Tĩnh chứ không có quyết định của cơ quan quản lý giáo dục. Mặc dù ngôi trường đã để lại nhiều kỷ niệm sâu sắc cho thầy giáo và học sinh cũ nay đã là những giáo sư, tiến sĩ, tướng tá và cán bộ trung cấp, cao cấp của Đảng, Nhà nước, song hai năm đã ngưng đào tạo.
Trường Trung học tư thục Đậu Quang Lĩnh lúc này vẫn tiếp tục dạy và học bình thường với CSVC khang trang, đầy đủ như trước đây.
Chiến tranh lại lan rộng ra một số tỉnh miền Trung, nên Hà Tĩnh lại tiếp tục được đón nhận một số cơ quan, trường học từ Thừa Thiên Huế chuyển ra.
Sở Giáo dục Liên Khu IV đã chuyển toàn bộ cơ quan cùng các gia đình cán bộ về xã Châu Phong (Tùng Ảnh, Đức Thọ). Cơ quan đặt tại Đình Trung cạnh sông La. Việc Sở Giáo dục Liên Khu IV chuyển về Đức Thọ cùng với trường trung học gồm những học sinh Bình Trị Thiên tản cư về đặt tại huyện Hương Khê do ông Hoàng Đức Thi làm hiệu trưởng đã làm cho việc chỉ đạo giáo dục ở Hà Tĩnh có nhiều thuận lợi, khí thế học hành vốn có truyền thống từ xưa ở vùng đất hiếu học được nâng lên dẫu đang trong những năm kháng chiến gian khổ. Số học sinh Bình Trị Thiên học ở Đức Thọ đã tập trung tại trại nuôi dưỡng của học sinh Quảng Trị gọi là Quảng Sinh.
Trong bối cảnh đó, Sở Giáo dục Liên khu IV lại quyết định dời trường Quốc học Huế ra Hà Tĩnh từ tháng 9-1947, yêu cầu đặt gần cơ quan Sở do giáo sư Phạm Đình Ái kiêm nhiệm làm hiệu trưởng. Nhà trường đặt tại xã Châu Phong, trên cơ sở của trường Tiểu học Đông Thái. Trường tiểu học của xã tự nguyện dời về các làng xung quanh, nhường ngôi trường truyền thống của mình cho trường Quốc học với tên mới là trường Chuyên Khoa Huỳnh Thúc Kháng. Trong khoảng 3 năm học kể từ khi dời cố đô Huế ra Hà Tĩnh trường Chuyên khoa Huỳnh Thúc Kháng có di chuyển về Thái Yên, lên chợ Bộng (Đức Bồng) rồi trở lại Châu Phong trước khi chuyển ra Nghệ An.
Như vậy, ngay trong những năm đầu kháng chiến chống Pháp, trên dải đất ven sông La dài 6 km đã tập trung 3 trường trung học và chuyên khoa cùng cơ quan lãnh đạo giáo dục cấp liên khu, hình thành một trung tâm đào tạo chưa từng có từ trước đến nay trên đất Hà Tĩnh.
Tháng 7-1948, Bộ Giáo dục triệu tập Đại hội giáo dục toàn quốc nhằm thống nhất giáo dục kháng chiến, điều chỉnh chương trình học theo hướng nâng chất lượng môn công dân, chính trị và lịch sử, cải thiện phương pháp giảng dạy. Chủ tịch Hồ Chí Minh đã gửi thư đến Đại hội, nhắc nhở: “phải sửa đổi triệt để chương trình cho hợp đồng với sự nghiệp kháng chiến và kiến quốc....” Từ hội nghị lịch sử đó, các trường trung học trong tỉnh đã có nhiều chuyển biến. Tổ chức Đảng trong nhà trường được củng cố, chi bộ ghép của 2 trường Phan Đình Phùng và Đậu Quang Lĩnh được tỉnh uỷ cho thành lập và gọi là chi bộ Phan Lĩnh có nhiều đảng viên, đa số là học sinh Đậu Quang Lĩnh. Số học sinh này từng là cán bộ, nay về học thêm văn hoá.
Tổ chức Hiệu đoàn học sinh được thành lập và hoạt động khá sôi nổi như tham gia dạy bình dân học vụ, sinh hoạt văn nghệ, tuyên truyền cổ động cho kháng chiến,…
Ở trường Huỳnh Thúc Kháng, Hiệu đoàn học sinh do chi bộ Đảng lãnh đạo đã có những hình thức tổ chức sinh động như lập tiểu đoàn học sinh quân, luyện tập trận giả cắm trại ở Dị Long (Hương Sơn), ra các tập san nội bộ với tiêu đề là "Kẻng" (ban Khoa học xã hội) và Eureka (ban Khoa học tự nhiên), tổ chức nhóm nghiên cứu chủ nghĩa Mác,…
Hai trường trung học của tỉnh tập trung vào một khu vực ở Đức Thọ đã không đáp ứng được nhu cầu học tập của con em nhân dân trong toàn tỉnh. Trước tình hình đó, một số tổ chức và cá nhân đứng ra xin thành lập các trường trung học tư thục hoặc dân lập, nhằm tạo điều kiện cho đông đảo học sinh tiểu học trong tỉnh được học lên và hình thành một hệ thống trường trung học của chế độ mới.
Lúc này, Sở giao dục Liên khu IV do giáo sư Phạm Đình Ái làm giám đốc là cơ quan có quyền cấp giấy phép thành lập trường vẫn giữ quan điểm cũ yêu cầu nhà trường phải hội đủ điều kiện cần thiết, nên đã không chấp
nhận đơn xin mở trường của nhiều nơi trong tỉnh. Trong một công văn phúc đáp của ông Giám đốc Sở giáo dục Liên khu IV gửi cho Uỷ ban kháng chiến hành chính Kỳ Anh năm 1949 có đoạn như sau: “Nha tôi trân trọng tin quý ban biết, Nha tôi rất tán thành việc mở một trường tư thục trung học tại huyện Kỳ Anh... Tuy nhiên, đứng trên nguyên tắc, Nha tôi không thể chấp nhận đơn xin mở trường của quý ban vì một cơ quan chính quyền không thể mở trường tư thục”.
Trước tình hình đó, Đảng bộ Hà Tĩnh chủ trương mở đường trung học do Mặt trận Liên Việt đứng tên để thể hiện được phương pháp giảng dạy mới mà Chủ tịch Hồ Chí Minh đã chỉ thị.
Năm 1949, Tỉnh uỷ giao cho Đảng đoàn Liên Việt mở trường đầu tiên tại xã Tam Đồng (Yên Hồ, Đức Thọ). Đội ngũ giáo viên chọn trong những thanh niên đã tốt nghiệp trường chuyên Huỳnh Thúc Kháng về làm nòng cốt của trường như Phạm Hưng làm hiệu trưởng, và Hoàng Ngọc Dị, Nguyễn Huy Ái, Lê Khánh Bằng, Võ Quý, Hoàng Xuân Tâm, Nguyễn Đức Nghinh, Hoàng Thế Mỹ làm giáo viên.
Trường Liên Việt có nhiều học sinh địa phương và cũng có cả những học sinh là cán bộ, du kích từ Bình - Trị - Thiên ra học, thầy và trò tuổi rất gần gũi thân tình, giáo viên cùng sinh hoạt chi bộ Đảng với học sinh và cùng tổ chức được nhiều hoạt động có yếu tố giáo dục mới như sinh hoạt văn nghệ quần chúng, thí nghiệm thực hành, hoạt động chính trị thời sự… Thầy giáo trẻ đầy trách nhiệm hăng say công tác, những học trò tha thiết trau dồi kiến thức và sẵn sàng đáp ứng lệnh tổng động viên của tổ quốc và được sự chỉ đạo trực tiếp của Đảng, trường Liên Việt tiêu biểu cho lực lượng trẻ xây dựng nền giáo dục mới, phục vụ cho yêu cầu đào tạo con người mới của Đảng.
Do yêu cầu của sự nghiệp cải cách giáo dục, trong đó có cuộc vận động “chỉnh cơ” nên sau một năm ra đời với vai trò làm nhiệm vụ khởi đầu của
công cuộc kháng chiến và cải cách giáo dục của tỉnh, nhà trường đã kết thúc năm học thử nghiệm của mình. Tại Yên Hồ, trường Nguyễn Biểu đã ra đời thay thế trường Liên Việt. Từ đó, các trường trung học liên tiếp được mở ra ở các huyện khác như trường tư thục Nghi Xuân do thầy giáo Nguỵ Cao Hiền làm hiệu trưởng (đặt tại tư văn nhà thờ Nguyễn Du), trường tư thục Võ Liêm Sơn do thầy giáo Trần Văn Thứ thành lập tại Hương Sơn, trường Thanh Việt ở Thạch Hà do thầy giáo Trần Hậu Lý phụ trách, trường Hương Khê do thầy giáo thầy giáo Chu Văn Việt làm hiệu trưởng, trường Thạch Thành (Cẩm Xuyên) do thầy giáo Trần Văn Trị làm hiệu trưởng, trường Đặng Dung (Can Lộc) do thầy giáo Trần Thanh Hải phụ trách. Huyện Kỳ Anh xa xôi và khó khăn cũng mở được 3 lớp trung học đầu tiên do thầy giáo Đường Khắc Du quản lý.
Riêng ở Đức Thọ, nhu cầu học tập nhiều hơn nên đã mở thêm trường tư thục Lê Ninh do ông Đinh Văn Thoát đứng ra thành lập, hiệu trưởng đầu tiên là thầy giáo Đinh Hữu Vu.
Đến năm 1950, ngoài số trường trung học đã có từ trước, toàn tỉnh Hà Tĩnh, đã mở thêm được 8 trường trung học mang đậm tính chất “xã hội hoá” với nhiều hoạt động nhằm thực hiện phương pháp dạy học mới, mang dáng dấp của mô hình một trường dân lập và bán công, tạo ra một “hiện tượng Liên Việt” đối với sự nghiệp giáo dục Hà Tĩnh trước đây. Số trường trung học toàn tỉnh lúc đã có 13 trường với 68 giáo viên và 2.963 học sinh.
Những chuyển biến mạnh mẽ về tổ chức và phương pháp giảng dạy của các trường trung học thời kỳ này đã được Đảng bộ Hà Tĩnh đánh giá “hầu hết các trường đã thí nghiệm phương pháp giáo dục dân chủ mới, cải tiến phương pháp sư phạm, bài trừ lối dạy nhồi sọ, lối học vẹt”[9; tr.82].
Là địa phương hội tụ được nhiều trí thức của các tỉnh Liên khu IV nên các trường trung học ở Hà Tĩnh trong những năm đầu cuộc kháng
chiến chống Pháp đã có một đội ngũ giáo viên năng động, nhiệt tình giảng dạy, có trình độ học vấn vững vàng đã đào tạo được một thế hệ học sinh xuất sắc, trong đó có một số được đào tào ở trong nước hoặc ngoài nước, cung cấp cho đất nước nhiều nhân tài. Để động viên việc dạy và học của các trường trung học, nhiều cán bộ lãnh đạo Đảng và Nhà nước đã đến thăm như đồng chí Hồ Tùng Mậu đến trường học sinh Bình Trị Thiên ở Hương Khê, các đồng chí Nguyễn Chí Thanh, Hà Huy Giáp đến trường Huỳnh Thúc Kháng...
Việc mở thêm nhiều trường tư thục đã dẫn đến tình trạng thiếu giáo viên trung học một cách trầm trọng. Được sự đồng ý của khu giáo dục Liên khu IV và Ty Thanh tra tiểu học Hà Tĩnh, một số giáo viên tiểu học đã tốt nghiệp bằng thành chung hoặc đã học các lớp đệ tam, đệ tứ niên trung học và giảng dạy khá được cử đi bồi dưỡng ngắn hạn để lên dạy trung học, gọi là "dạy kê". Đây là một chủ trương kịp thời và đúng đắn của ngành vì đảm bảo được sự phát triển cân đối giữa bậc tiểu học và trung học lúc đó. Những giáo viên được "Kê" lên dạy trung học, với sự phấn đấu tự bồi dưỡng rèn luyện của mình, một số đã trở thành càn bộ quản lý tốt của ngành giáo dục.
Năm 1949-1950, không khí sôi nổi của đợt động viên tòng quân đã tràn vào trường học. Các chiến trường cần thêm quân số, nhất là sĩ quan có trình độ văn hóa, nên khi trường lục quân Trần Quốc Tuấn cử cán bộ về Hà Tĩnh động viên thanh niên nhập ngũ, thì phong trào tòng quân ở các trường trung học lên rất cao.
Đoàn thanh niên cứu quốc tỉnh họp tại Đức Yên (Đức Thọ) phát động cuộc vận động chính trị lấy tên là "Đại hội tòng quân". Chỉ trong một tuần lễ, toàn tỉnh đã có hơn 50 ngàn thanh niên đăng ký nhập ngũ. Trường chuyên khoa Huỳnh Thúc Kháng có 295 học sinh, có 13 nữ sinh đều ghi tên tòng quân cả. Trong đó, có 158 đã nhập ngũ. Trường trung học Phan Đình Phùng
sau khi tuyển đã phải ghép lớp học lại vì số học sinh trúng truyển có lớp lên quá nửa. Trong số học sinh trúng tuyển, một số được điều động bổ sung ngay cho các đơn vị chủ lực, số còn lại lên đường theo học lớp sĩ quan lục quân Trần Quốc Tuấn khóa 6.
Trong tình hình Hà Tĩnh còn thiếu giáo viên tiểu học cũng như trung học, theo yêu cầu của khu giáo dục, Hà Tĩnh cùng với Thanh Hóa, Nghệ An viện trợ cho sự nghiệp giáo dục các tỉnh Bình - Trị - Thiên, đang là vùng trực tiếp chiến đấu với thực dân Pháp. Trường trung học Phan Đình Phùng đã mở thêm vào cuối năm 1948 một lớp đệ tứ sư phạm đào tạo giáo viên cơ bản tăng cường cho Bình - Trị - Thiên. Những năm 1948, 1949, các đơn vị vũ trang Bình - Trị - Thiên hoạt động mạnh buộc thực dân Pháp phải co cụm các đồn bốt dọc đường quốc lộ, tạo nên một vùng giải phóng rộng ở ven núi và đồng bằng ven biển. Nhu cầu mở lớp học cho con em ở vùng mới giải phóng trở nên cấp bách, đòi hỏi sự viện trợ của các tỉnh vùng tự do.
Ty Thanh tra tiểu học Hà Tĩnh đã động viên một số giáo viên có năng lực và hăng hái lên đường giúp hai tỉnh Trị - Thiên chia làm nhiều đợt.
Đợt 1, đoàn có 6 giáo viên là Bùi Vân, Hoàng Xuân Hy, Phan Hữu Doanh, Trần Văn Quý, Nguyễn Ấm, Nguyễn Khắc Hiệu chia đều cho hai tỉnh.
Đợt 2, đoàn gồm các giao viên Phan Xuân Bình, Trần Thanh Châu,