Ngay sau ngày toàn quốc kháng chiến, các cơ quan ở Trung Bộ từ thành phố Huế theo các đường bộ, đường sắt chuyển ra đóng rải rác các tỉnh Thanh Hoá, Nghệ An, Hà Tĩnh. Tại Hà Tĩnh, các huyện Hương Khê, Đức Thọ là nơi tiếp nhận nhiều cơ quan ở Trung Bộ và Khu IV, kể cả một số cơ quan từ phía bắc tản cư vào.
Ông Hồ Văn Liên, quản đốc trường mẫu giáo tư thục Bách Thảo Hà Nội tản cư vào Hà Tĩnh mong muốn được tiếp tục phát triển trường lớp mẫu giáo này tại khu IV, đã để xuất với Uỷ ban hành chính Đức Thọ và Sở Thanh niên- Thể dục thể thao Trung Bộ đang đóng tại đây mở Chương trình giáo dục Ấu trĩ theo phương pháp của trường Bách Thảo. Được ông Nguyễn Xuân Trâm, giám đốc Sở Thanh niên - Thể dục thể thao đồng ý, Ủy ban hành chính Đức Thọ cử một ban huấn luyện gồm các ông Hồ Văn Liên, Nguyễn Ngọc Thạch, Hoàng Nguyên Cát tổ chức một số trại huấn luyện đặt tại đồi thông Linh Cảm (xã Tùng Ảnh ngày nay). Tuy các lớp huấn luyện mở không nhiều và do đơn vị quản lý là Sở Thanh niên- Thể dục thể thao giải thể, nhưng sự ra đời của ngành học này đã làm cho mọi người hiểu được nền giáo dục Ấu trĩ có những đặc trưng riêng về tâm lý, về phương pháp giáo dục, về chương trình học chứ không phải là dạng ấu trĩ "kiểu tiểu học" như trước đó.
Năm 1947, cuộc kháng chiến chống thực dân Pháp đã bước vào năm thứ hai và ngày càng gay go ác liệt, thực dân pháp đã đánh chiếm nhiều địa phương trong nước, nhưng Thanh Hoá, Nghệ An, Hà Tĩnh vẫn là vùng tự do. Lúc này, Sở Cứu Tế - Xã hội được giao đảm nhiệm chỉ đạo hệ thống Giáo dục Ấu trĩ và Dục Anh viện. Chủ trương chung là mỗi tỉnh mở một Dục Anh viện để nuôi dạy con liệt sỹ, thương binh và gia đình quân nhân, trẻ bơ vơ không nơi nương tựa, ở mỗi huyện xây dựng một Ấu trĩ viên kiểu mẫu để chăm sóc dạy các cháu trước tuổi học tiểu học với mục đích làm mẫu cho các địa phương làng xã noi theo. Chủ trương được ủy ban kháng chiến hành chính Liên Khu IV phê duyệt và giao cho ông Cao Minh Hiệu, Giám đốc Sở Cứu tế - Xã hội triển khai. Ban huấn luyện cũ của Hà Tĩnh được giao tiếp tục phụ trách các khoa huấn luyện này với chức danh chính thức do Sở Cứu tế - Xã hội khu IV bổ dụng gồm các ông bà: Hồ Văn Liên (trưởng ban), Trần Phúc Chuyên, bà Đặng Mộng Khương và ông Hoàng Nguyên Cát. Tranh thủ sự hỗ trợ của các cấp, các ngành chuyên trách với một chương trình toàn diện, khoa học hơn kỳ đầu thử nghiệm ở đồi thông Đức Thọ.
Một chủ trương sáng tạo có hiệu quả thiết thực của ban huấn luyện là cử mỗi lớp huấn luyện đều tổ chức một lớp Ấu trĩ viên bên cạnh làm cơ sở thực hành, sau đó lớp này trở thành Ấu trĩ viên kiểu mẫu của tỉnh. Cán bộ phụ trách Ấu trĩ viên kiểu mẫu sẽ tiếp tục tổ chức các lớp tiếp theo nhân dần lên.
Về Dục Anh viện của tỉnh (trước gọi là Cô nhi Viện) đặt tại vùng quê yên tĩnh ở chợ Nhe (Vĩnh Lộc) huyện Can Lộc. Hội Phụ nữ tỉnh có trách nhiệm tham gia quản lý tổ chức này cùng Ty Cứu tế - Xã hội, đã cử chị Nguyễn Thị Minh Hiên là cán bộ phụ nữ sang làm quản đốc, các cô giáo Lê Thị Kim Liên, Nguyễn Thị Thợi phụ trách các mặt hoạt động của Dục Anh viện. Nhiệm vụ chính của Dục Anh viện lúc đó là nuôi dạy những trẻ em thuộc diện chính sách từ 4-5 tuổi, một số trường hợp lớn hơn, cá biệt có cháu
3 tuổi nhưng bố mẹ hoặc phải đi công tác xa hoặc đã hy sinh. Các cháu là những thiếu nhi thiếu tình cảm gia đình, khao khát tình thương. Vì vậy, ngoài việc lo cho các cháu, ăn mặc, học hành, sinh hoạt hàng ngày, các cô giáo ở đây còn phải là người mẹ hiền, dồn mọi tình cảm cho các cháu. Dục Anh viện của tỉnh có quy mô và tổ chức quản lý như một trường mầm non nội trú đối với lớp nhỏ và cũng có đặc điểm của một làng SOS ngày nay, nhưng trong hoàn cảnh kinh phí quá hạn hẹp, nên từ cán bộ phụ trách đến các cháu lớn tuổi đều phải chăn nuôi, trồng trọt để cải thiện cuộc sống hàng ngày.
Cuộc kháng chiến bước sang giai đoạn mới ngày càng ác liệt, cơ quan quản lý lại một lần nữa chuyển đến, nên Dục Anh viện đã phải giải thể và gửi trả các cháu về với những người thân nuôi dưỡng. Những cháu nào không có người thân thì được sắp xếp để gửi tại các gia đình tình nguyện. Qua mấy năm nuôi dạy các cháu, tình cảm cô giáo với các cháu là tình cảm mẹ con thân thiết mặc dù các cô đều chưa có gia đình riêng. Để xây dựng các lớp Ấu trĩ viên kiểu mẫu, Ban huấn luyện ở Hà Tĩnh đã tổ chức được các khóa học tại Bùi Xá và Châu Phong (Đức Thọ). Ngoài ra các khóa huấn luyện ở Cẩm Thái (Thanh Chương, Nghệ An) được tổ chức cho học viên các lớp Ấu trĩ thuộc 3 tỉnh Nghệ An, Hà Tĩnh, Quảng Bình, mỗi khóa kéo dài từ 4 đến 5 tuần lễ, đào tạo được 120 học viên.
Các lớp Ấu trĩ viên kiểu mẫu do Ty Cứu tế -Xã hội quản lý có cơ sở vật chất đầy đủ để học và thực hành như vườn tược, nhà cửa, đồ chơi... thu nhận trẻ từ 4 tuổi đến dưới 6 tuổi, học ngày 2 buổi và gia đình không phải đóng góp gì. Lớp học tổ chức thành nhóm đặt tên theo hàng cây quen thuộc như: cam quýt, bưởi..., có biểu tượng chung là hoa anh đào 5 cánh tượng trưng cho 5 mặt giáo dục là: đức, trí, thể, mỹ, quan năng (năng lực quan sát thiên nhiên)
Đến tháng 10-1949, Hà Tĩnh đã có 333 lớp với 11.877 cháu, đánh dấu một bước chuyển biến mới trong sự nghiệp giáo dục cho lứa tuổi mầm non và
để lại dấu ấn không phai mờ trong lòng nhân dân Hà Tĩnh về ngành học mầm non buổi sơ khai.
Nằm trong vùng tự do, hậu phương lớn của chiến trường Liên Khu IV, hệ thống các trường tiểu học Hà Tĩnh được mở lại ở các làng xã với việc tổ chức dạy và học khá quy củ, nền nếp từ năm đầu cách mạng vẫn được tiếp tục ổn định và phát triển trong kháng chiến. Để tránh sự dòm ngó và bắn phá của máy bay giặc Pháp thường bay dọc đường quốc lộ, một số trường học ở những nơi quá trống trải phải di chuyển về học trong các đình chùa, hội quán xóm, nhà dân.
Trong tình hình mới, Ty Thanh tra tiểu học đã phải gắng sức làm tốt mọi nhiệm vụ tỉnh giao cho ngành. Ông Trần Hậu Toàn, Uỷ viên giáo dục của tỉnh, là thanh tra tiểu học đã tập hợp một số giáo viên có năng lực, có uy tín, đã từng là đốc giáo, trợ giáo trường huyện, trường tỉnh trước cách mạng về công tác tại Ty và tổ chức thành các bộ phận chuyên trách, dẫu số lượng người còn rất ít. Trong các bộ phận của Ty, bộ phận thanh tra cơ sở là quan trọng và vất vả nhất, phải chia nhau đi khắp các trường tiểu học trong tỉnh để nắm tình hình dạy và học của các trường và cùng các trường giải quyết mọi việc xảy ra ở cơ sở. Mỗi tháng, các uỷ viên thanh tra này chỉ về cơ quan 3-4 ngày để họp rồi nhận lương để phát cho các trường thuộc huyện mình phụ trách.
Bộ phận thanh tra lúc đầu chỉ có 4 người, sau chọn thêm thành 8 người, mỗi người phụ trách một huyện. Đó là các ông Đậu Hà, Mai Trọng Nhì, Phan Tử Quỹ, Mai Trọng Chuyên, Nguyễn Mỹ Tài, Tống Trần Trinh, Đào Thiện Sự, Đào Duy Nị. Bộ phận chuyên môn ở Ty do ông Nguyễn Ty, phụ trách cùng các ông Phan Nhân Đồng, Hoàng Xuân Hi... cộng tác chặt chẽ với các thanh tra lo biên soạn, in ấn tài liệu giảng dạy, bồi dưỡng các giáo viên trong hè và mở các khoá đào tạo giáo viên cấp tốc hàng năm, cung cấp
giáo viên mới cho các huyện còn thiếu như Thạch Hà, Cẩm Xuyên, Hương Khê, Kỳ Anh.
Ngoài ra, Ty Thanh tra còn có bộ phận tổ chức hành chính, kế toán với các cán bộ giáo viên có kinh nghiệm như Nguyễn Đồng, Bùi Ký, Thái Thi, Nguyễn Cao Cung.... Tất cả các bộ phận đều theo cơ quan dời ra xã Phù Việt, dựa vào nhà dân và đình làng để làm việc suốt mấy năm trời, tinh thần trách nhiệm và năng lực làm việc của các cán bộ ở Ty Thanh tra tiểu học đã thúc đẩy việc dạy và học ở các trường phát triển đều đặn, nền nếp, đảm bảo an toàn trước những vụ bắn phá, oanh tạc của máy bay địch ở một số nơi.
Năm 1946, Chính phủ ban hành Sắc lệnh số 146/SL về việc cải cải tổ lại hệ thống trường lớp của bậc tiểu học, nhưng đến năm học 1947-1948, toàn tỉnh Hà Tĩnh mới bắt đầu áp dụng hệ thống 4 năm cho phù hợp vời hoàn cảnh kháng chiến.
Phong trào diệt dốt của ngành Bình dân học vụ làm cho nhiều người dân biết chữ và vì thế đã làm cho các gia đình quan tâm hơn đến việc học của con cái ở trường tiểu học. Bởi vậy, số lớp mở thêm ngày càng nhiều, giáo viên ngày càng thiếu và những giáo viên vào dạy tại quê nhà, nhiều trường hợp giáo viên xa đến đã sinh cơ lập nghiệp tại nơi mình giảng dạy. Cũng do thiếu giáo viên trầm trọng, nên ngành bắt buộc tổ chức một số “lớp chéo”, mỗi trường tiểu học bớt một giáo viên, lớp còn lại sẽ do các giáo viên khác chia nhau giảng dạy, thường “chéo” ở lớp 2, lớp 3.
Trong những năm kháng chiến gian khổ này, trường nào cũng phải sơ tán rải rác ỏ thôn xóm, mỗi giáo viên đều phải tự chịu trách nhiệm hoàn toàn lớp mình phụ trách một cách tự giác vì hiệu trường cũng đảm nhận dạy một lớp và thường là lớp cuối cấp. Số giáo viên dạy xa nhà của các trường khá đông, hầu hết đểu phải dựa vào sự đùm bọc của nhân dân địa
phương dưới hình thức “nuôi” thầy và nhờ kèm cặp thêm về việc học cho con cái trong nhà.
Tuy nhiên, khó khăn nhất của giáo viên lúc này là thiếu tài liệu giảng dạy. Ngoài một số tài liệu ít ỏi do Ty Thanh tra chuyển xuống, giáo viên các trường phải tự tìm trong sách báo cũng rất hiếm hoi lúc đó để soạn bài và chuyền tay nhau chép để dùng. Nguồn tài liệu và gần như chính thống duy nhất được phổ biến trong toàn tỉnh để thống nhất giảng dạy theo đúng chương trình là các tạp san Giáo dục do Sở giáo dục Liên Khu IV biên soạn, in ấn và phát triển tận trường. Đã có 3 tập san với nội dung tóm tắt chương trình môn học, kèm theo một bài soạn có tính chất minh hoạ cho giáo viên.
Những năm đầu kháng chiến chống Pháp, Đảng Cộng sản Đông Dương đã rút vào hoạt động bí mật, số đảng viên trong ngành lại rất ít, ngay ở cơ quan chỉ đạo là Ty Thanh tra tiểu học cũng chỉ có 3 đảng viên. Tuy vậy, để đảm bảo thông suốt sự lãnh đạo của Đảng trong nhà trường, giúp các đảng viên nâng cao trình độ, khả năng thực hiện phương châm, đường lối giáo dục của Đảng, Ban Tuyên giáo tỉnh uỷ đã cùng với Ty Thanh tra tiểu học tổ chức các lớp bồi dưỡng chi uỷ viên, lớp đầu mở tại Cẩm Vân (Cẩm Xuyên) năm 1948, các lớp sau ở Can Lộc, Đức Thọ.
Giáo viên các trường tiểu học lúc này đều hoà mình vào các sinh hoạt của địa phương, đã hướng dẫn học sinh tham gia công tác Trần Quốc Toản, tham gia các hoạt động xã hội, tuyên truyền cổ động cho các chính sách như tòng quân, đi dân công, sản xuất tiết kiệm và hăng hái giảng dạy bình dân học vụ trong làng xóm.
Đến cuối năm học 1948 -1949, giáo dục tiểu học Hà Tĩnh đã có 181 trường (bình quân mỗi xã một trường) với 617 giáo viên và 25.911 học sinh, so với năm học 1946 -1947 là năm bắt đầu cuộc kháng chiến chống Pháp đã tăng hơn 1.5 lần về số học sinh.