Hệ thống cơ quan hành chính nhà nước nói chung và bộ máy hành chính trong từng cơ quan nói riêng đã được sắp xếp lại theo hướng tinh giản gọn nhẹ nhưng có hiệu lực hoạt động cao. Số lượng Bộ và các cơ quan chuyên môn thuộc Ủy ban nhân dân đã giảm đáng kể so với trước đây.
Công tác sử dụng, đào tạo, bồi dưỡng trình độ chuyên môn nghiệp vụ cho công chức làm công tác lãnh đạo, quản lý, đặc biệt là công tác soạn thảo quyết định đã được quan tâm đúng mức. Ở nhiều nơi, việc bố trí công chức có năng lực, trình độ cao vào những cơ quan, đơn vị có chức năng soạn thảo quyết định là một nguyên nhân tích cực có tính quyết định tới việc nâng cao chất lượng, hiệu lực của quyết định.
Tuy nhiên, công tác cán bộ hiện nay vẫn còn nhiều hạn chế trong tất cả các khâu: cơ cấu, tuyển dụng, đào tạo, bồi dưỡng, sử dụng và đãi ngộ đối với những người làm công tác soạn thảo quyết định.
Cơ cấu cán bộ, công chức, đặc biệt là những người làm công tác soạn thảo quyết định là chưa hợp lý, “bộ phận công chức thực hiện chức năng phục vụ (giáo viên, y tế…) rất lớn (83,82%); cán bộ, công chức hành chính chiếm tỷ lệ thấp (16,18%)” [4, tr.65].
ưu việt hơn so với cơ chế cũ nhưng trên thực tế ở nhiều ngành hay địa phương, hoạt động này vẫn bị chi phối bởi những yếu tố ngoài pháp luật, do đó chất lượng chưa thực sự cao, người được tuyển dụng có thể có trình độ chuyên môn không đúng với đòi hỏi của nhiệm vụ đặt ra; “không tương ứng giữa văn bằng với chức danh, với năng lực thực tiễn” [4, tr.66].
Thêm vào đó, công tác đào tạo, bồi dưỡng đối với đội ngũ cán bộ không có quy hoạch, kế hoạch cụ thể, do đó dẫn tới tình trạng nhiều lĩnh vực chuyên môn, đặc biệt là những lĩnh vực liên quan mật thiết tới khoa học tuy nhiên, thiếu nghiêm trọng những người có trình độ chuyên môn cao, trong khi đó một số lĩnh vực hoạt động lại quá dư thừa người được đào tạo; nội dung đào tạo, bồi dưỡng không thực sự gắn liền với đòi hỏi của thực tiễn nên xảy ra tình trạng nhiều cán bộ, công chức có bằng cấp chuyên môn rất cao nhưng năng lực làm việc lại rất thấp; “đại bộ phận đội ngũ cán bộ, công chức được đào tạo về chuyên môn nghiệp vụ trong cơ chế tập trung quan liêu bao cấp; chỉ có một bộ phận được đào tạo theo yêu cầu chuyển sang cơ chế mới”, do đó nhiều cán bộ, công chức, rơi vào tình trạng thiếu hụt cơ bản về kiến thức quản lý hành chính nhà nước, pháp luật, ngoại ngữ, tin học; cán bộ chính quyền cơ sở có số lượng đông nhưng chất lượng thấp và về cơ bản là chưa được đào tạo, bồi dưỡng về kiến thức quản lý nhà nước, quản lý xã hội ở cấp cơ sở, thậm chí ở một số xã miền núi, dân tộc thiểu số còn có cán bộ mù chữ [27, tr.66].
Mặt khác, việc sử dụng cán bộ, công chức chưa thực sự phù hợp với ngành nghề được đào tạo, với sở trường của mỗi người cũng là một hiện tượng phổ biến hiện nay. Chính sách luân chuyển cán bộ chưa thực sự đi vào thực tiễn nên kiến thức khoa học, kinh nghiệm thực tiễn của nhà quản lý thường bị bó hẹp trong phạm vi một số vấn đề liên quan tới chức năng của cơ quan đang công tác, do đó khi cần tăng cường cho cơ quan, đơn vị khác thường thiếu nguồn cán bộ. Cơ chế bầu cử đối với Chủ tịch Ủy ban nhân dân
các cấp đã bộc lộ rõ những điểm yếu cơ bản, như: dễ tạo ra sự cục bộ, địa phương, sự không đồng đều về trình độ giữa các địa phương… nhưng vẫn chưa được thay bằng cơ chế bổ nhiệm. Do đó trong những trường hợp có sự điều động cán bộ từ địa phương này tới địa phương khác thường gặp phải những lực cản nhất định; người được điều động có thể bị cô lập, thậm chí bị vô hiệu hoá.
Đồng thời, chế độ đãi ngộ đối với cán bộ, công chức nhà nước cần được cải tiến vì chưa phù hợp. Mặc dù đã qua nhiều lần cải cách nhưng chế độ tiền lương vẫn còn nhiều bất cập, mức lương thấp, cơ cấu tiền lương (ngạch, bậc lương) không hợp lý, dẫn đến việc người lao động không toàn tâm, toàn ý đối với công việc được giao. Chưa có cơ chế khuyến khích hữu hiệu đối với những người công tác vùng sâu, vùng xa, vùng đặc biệt khó khăn, vì vậy hình thành tâm lý e ngại, lẩn tránh việc về công tác tại những vùng này; tạo ra tình trạng nơi thừa, nơi thiếu cán bộ vì đa số những người được đào tạo cơ bản, có kiến thức cần thiết lại chủ yếu tìm việc làm việc ở đô thị, thậm chí chấp nhận cả việc làm trái nghề được đào tạo; vừa gây khó khăn cho việc cân đối lao động vừa gây lãng phí cho Nhà nước và xã hội trong công tác đào tạo.
Ngoài ra, việc không xử lý hoặc xử lý không nghiêm minh đối với những người ra quyết định sai trái đã tạo tâm lý không tốt: nhân dân thiếu tin tưởng, thậm chí chán nản, không phát hiện hoặc đóng góp ý kiến cho Nhà nước; cán bộ, công chức vẫn tiếp tục thờ ơ, thiếu trách nhiệm đối với việc soạn thảo, ban hành quyết định và do đó vẫn duy trì hoặc tiếp tục cho ra đời những quyết định khiếm khuyết.
Các nội dung trên về công tác tổ chức cán bộ trong hệ thống cơ quan hành chính Nhà nước là những nguyên nhân tác động trực tiếp và sâu sắc tới hiệu lực của quyết định hành chính Nhà nước.