Liên quan đến thu hồi đất và bồi thường khi thu hồi đất, Luật Đất đai năm 2013 đã sửa đổi, bổ sung một số điều nhằm tháo gỡ những khó khăn, vướng mắc trong việc thực hiện bồi thường khi thu hồi đất, đáp ứng yêu cầu của thực tiễn.
Yếu tố công khai trong việc thu hồi đất đã được bổ sung trong quy định về căn cứ thu hồi đất vì mục đích quốc phòng, an ninh; phát triển kinh tế - xã hội vì lợi ích quốc gia, công cộng. Trong đó, việc thu hồi đất phải dựa trên kế hoạch sử dụng đất hàng năm của cấp huyện đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt. Quy định này đã đảm bảo sự tương thích với các quy định sửa đổi, bổ sung của Luật Đất đai năm 2013 về quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất đồng thời đề cao tính công khai, minh bạch của quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất; giúp ngăn ngừa sự tùy tiện hoặc các tiêu cực có thể xảy ra trong việc thu hồi đất từ phía cơ quan nhà nước có thẩm quyền thu hồi đất.
Luật Đất đai năm 2013 đã xác lập một cơ chế thu hồi đất mới đó là Nhà nước thực hiện việc thu hồi đất sử dụng vào mục đích quốc phòng, an ninh, lợi ích quốc gia, lợi ích công cộng và sử dụng đất vào mục đích phát triển kinh tế có tầm quan trọng đặc biệt đối với đất nước theo Điều 61, Điều 62. Còn đối với các dự án phát triển kinh tế khác không thuộc trường hợp Nhà nước thu hồi đất theo Điều 61 và Điều 62 mà phù hợp với quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt thì Luật Đất đai năm 2013 cho phép chủ đầu tư được nhận chuyển nhượng, thuê quyền sử dụng đất, nhận góp vốn bằng quyền sử dụng đất. Nhà nước giao đất đã thu hồi cho chủ đầu tư để thực hiện dự án đầu tư hoặc giao cho tổ chức
dịch vụ công về quản lý đất đai (Tổ chức phát triển quỹ đất). Cơ chế thu hồi đất mới này giúp chuyển toàn bộ địa tô chênh lệch của đất đai vào trong tay Nhà nước thay vì khoản lợi nhuận địa tô này rơi vào tay các nhà đầu tư nếu để họ thỏa thuận bồi thường với người sử dụng đất. Việc giao cho Nhà nước thu hồi đất tức là Nhà nước đảm nhiệm việc chuẩn bị, cung cấp nguồn đất sạch cho nhu cầu của các doanh nghiệp sẽ tạo điều kiện thuận lợi để doanh nghiệp tiếp cận với đất đai; không để doanh nghiệp đối đầu với người dân trong việc bồi thường, giải phóng mặt bằng vốn rất khó khăn, phức tạp trên thực tế.
Tuy nhiên, khi Luật Đất đai giao việc thực hiện bồi thường, hỗ trợ và tái định cư cho Tổ chức phát triển quỹ đất có một số vấn đề còn tồn tại như:
Thứ nhất, tù khi triển khai thi hành Luật Đất đai năm 2003 đến nay, vai trò và
hoạt động của Tổ chức phát triển quỹ đất rất mờ nhạt. Có nhiều tỉnh còn chưa thành lập Tổ chức phát triển quỹ đất. Có tỉnh đã thành lập Tổ chức phát triển quỹ đất (kể cả Thủ đô Hà Nội) song chưa để lại dấu ấn đáng kể nào về sự tồn tại của Tổ chức này. Hơn nữa, các địa phương cũng như Bộ Tài nguyên và Môi trường chưa có sự tổng kết đánh giá một cách toàn diện, thấu đáo về hiệu quả hoạt động của mô hình Tổ chức phát triển quỹ đất. Thứ hai, hiện tại ngoài Tổ chức phát triển quỹ đất còn có hai đơn vị khác được hoạt động trong lĩnh vực bồi thường, giải phóng mặt bằng. Đó là Hội đồng bồi thường giải phóng mặt bằng và Công ty Đức Khải (vừa được Chính phủ cho phép thành lập). Hội đồng bồi thường giải phóng mặt bằng sẽ giải phóng mặt bằng cho những dự án đã có chủ đầu tư, Công ty Đức Khải là đơn vị tư nhân có thể giải phóng mặt bằng thuê cho những doanh nghiệp khác. Vậy nếu có doanh nghiệp thuê Tổ chức phát triển quỹ đất giải phóng mặt bằng thì Tổ chức này có được làm hay không? Mặt khác, ranh giới, phạm vi thực hiện bồi thường giải phóng mặt bằng giữa Tổ chức phát triển quỹ đất, các Ban bồi thường giải phóng mặt bằng và Công ty Đức Khải chưa được Luật Đất đai quy định rõ ràng. Nên
việc triển khai quy định giao cho Tổ chức phát triển quỹ đất thực hiện nhiệm vụ bồi thường, hỗ trợ và tái định cư của Luật Đất đai năm 2013 sẽ gặp khó khăn trên thực tế; Hơn nữa, để có thể thực hiện được các nhiệm vụ mà Luật quy định tại khoản 2 Điều 5 Nghị định 43/2014/NĐ-CP, Tổ chức phát triển quỹ đất phải huy động vốn từ rất nhiều kênh khác nhau. Vậy trong trường hợp Tổ chức phát triển quỹ đất sau khi huy động vốn từ nhiều nguồn sẽ giải quyết đầu ra như thế nào? Doanh nghiệp góp vốn có được chia lãi hay được ưu tiên trong đấu giá? Thứ ba, hiện nay, công tác bồi thường giải phóng mặt bằng do Nhà nước thực hiện đang còn gặp rất nhiều khó khăn, phức tạp. Nhiều dự án bị ách tắc, chậm tiến độ thực hiện do nguyên nhân không thực hiện xong việc thu hồi đất, giải phóng mặt bằng; vì người dân không đồng thuận với phương án bồi thường phát sinh nhiều tranh chấp, khiếu kiện kéo dài. Nay Luật Đất đai năm 2013 chuyển giao nhiệm vụ này cho Tổ chức phát triển quỹ đất (là một doanh nghiệp đứng ra thực hiện) thì liệu tổ chức này có đầy đủ khả năng để đảm đương được không? Trong khi đó, mô hình hoạt động bồi thường giải phóng mặt bằng do doanh nghiệp tiến hành (Công ty Đức Khải thực hiện mới chỉ ở giai đoạn thử nghiệm) lại chưa đưa lại hiệu quả.