Qua những năm hoạt động và phát triển bên cạnh những thành tựu đạt được Chi nhánh Tây Nam còn một số tồn tại làm cản trở tiến trình hội nhập và phát triển:
- Tỷ lệ dư nợ trên vốn huy động quá cao cho thấy sự tăng trưởng Cho vay DN V&N và huy động vốn không đồng đều. Nguồn vốn huy động nói chung luôn thiếu rất nhiều so với nhu cầu phát triển tín dụng tại Chi nhánh. Đặc biệt là khả năng tự chủ về nguồn vốn của chi nhánh rất kém. Nguyên nhân là do Chi nhánh hoạt động tại địa bàn một tỉnh nghèo, nguồn vốn khan hiếm và đang gặp phải sự cạnh tranh quyết liệt của các NHTM khác là một bất lợi lớn đối với hoạt động huy động vốn của chi nhánh Tây Nam.
- Hoạt động cho vay DN V&N của Chi nhánh còn khá nhiều bất cập, các nhân viên tín dụng của Chi nhánh còn quá tập trung vào số lượng tín dụng mà ít quan tâm đến chất lượng của nó. Công tác thẩm định dự án cũng gặp nhiều khó khăn đó là cán bộ, nhân viên thẩm định còn khá trẻ, ít kinh nghiệm và còn quá chú trọng vào tài sản thế chấp.
- Tỷ lệ nợ xấu không ngừng tăng qua các năm cho thấy công tác thu hồi nợ của Chi nhánh chưa mang lại hiệu quả cao.
- Các khách hàng của Chi nhánh có một số doanh nghiệp chưa minh bạch hệ thống sổ sách kế toán, chưa đủ độ tin cậy, chưa phản ánh được năng lực tài chính của Công ty. Vì các thông tin này phần lớn do khách hàng cung cấp, Chi nhánh tự xác nhận mức độ tin cậy bằng cách của mình từ các nguồn thông tin khác nhau. Vì vậy, nếu khách hàng không trung thực thì độ chính xác của thông tin không cao và Chi nhánh sẽ tốn công sức trong việc xác nhận độ tin cậy của nó.
- Hoạt động trên địa bàn rộng lớn nên gây khó khăn cho phần lớn cán bộ, công nhân viên của Chi nhánh, khó khăn trong việc đi lại vì phần lớn nhân viên của Chi nhánh đã có nhà cửa ổn định tại thành phố Vị Thanh nhưng phải làm việc ở Thành phố Cần Thơ.