Công nghiệp là ngành có tốc độ tăng trương khá cao trong vùng, chủ yếu là công nghiệp chế biến nông, lâm sản, công nghiệp điện, công nghiệp khai thác, chế biến khoáng sản, công nghiệp sản xuất vật liệu xây dựng… Các ngành này trong những năm gần đây được đầu tư và phát triển nhanh chóng. Tuy nhiên tốc độ, quy mô và chất lượng phát triển chủ yếu tập trung ở các tỉnh thuộc Việt Nam.
Tại các tỉnh C-CLVDT, chủ yếu chỉ phát triển các doanh nghiệp vừa và nhỏ, và trong thời gian gần đây tốc độ phát triển các doanh nghiệp này là không đáng kể. Về phân bố thì có đến gần 90% các doanh nghiệp nằm tại Kratie. Phần còn lại của C-CLVDT chưa phát triển hay đúng hơn là tình hình hoạt động của các doanh nghiệp còn rất yếu kém. Các doanh nghiệp vừa và nhỏ ở các tỉnh
CLVDT hoạt động trong ba ngành chính là chế biến thực phẩm, đồ uống và thuốc lá.
Đối với các ngành khai khoáng, số lượng công ty đầu tư mới tăng nhanh từ 2 công ty năm 2004 lên 54 công ty vào năm 2009 nhằm khai thác các tiềm năng lớn của khu vực, trong đó tập trung chủ yếu vào khoáng sản và cây công nghiệp.
Tại các tỉnh L-CLVDT, ngành công nghiệp mới chỉ phát triển ở bước đầu và chưa được mở rộng với hơn 2000 nhà máy công nghiệp hoạt động trên toàn khu vực [16]. Đa số là các nhà máy công nghiệp và tiểu thủ công nghiệp quy mô nhỏ, sử dụng các kỹ thuật lạc hậu, hiệu quả thấp và hoạt động mang tính gia đình. Hoạt động công nghiệp ở khu vực này không chỉ thiếu vốn mà còn thiếu cả nhân lực và công nghệ hiện đại. Các ngành công nghiệp như khai thác mỏ, chế biến khoáng sản, vật liệu xây dựng, năng lượng và các ngành khác đã được hình thành nhưng hầu hết đang trong quá trình khảo sát nghiên cứu.
Tại V-CLVDT, ngành công nghiệp trong những năm qua đã có bước phát triển đáng kể. Các cơ sở chế biến nông, lâm sản lớn đã được hình thành, góp phần quan trọng vào sự tăng trưởng chung của vùng. Tốc độ tăng trưởng giá trị sản xuất công nghiệp của 4 tỉnh Tây Nguyên trong vùng giai đoạn 2005- 2009 đạt 19,3%. Tại Bình Phước giai đoạn 2006-2010 đạt 20,98%[16].
Trên địa bàn V-CLVDT đã hình thành nhiều khu công nghiệp như KCN Hòa Bình, KCN Sao Mai (Kon Tum), KCN Trà Đa, KCN Tây Pleiku (Gia Lai), KCN Tâm Thắng (Đắk Nông), KCN Hòa Phú (Đắk Lắk), KCN Chơn Thành, KCN Minh Hưng (Bình Phước). Nhiều cụm công nghiệp cũng đã và đang tiếp tục hình thành.
Nhìn chung, công nghiệp ở CLVDT chưa phát triển và phát triển không đồng đều, các cơ sở sản xuất công nghiệp hiện nay chủ yếu nằm ở các tỉnh thuộc Việt Nam, các tỉnh thuộc Lào và Campuchia đóng vai trò cung cấp nguyên liệu thô cho công nghiệp chế biến ở Việt Nam. Nếu xét về khía cạnh
này thì tại CLVDT đã bắt đầu hình thành nên chuỗi sản xuất công nghiệp chế biến, trong đó phần lớn giá trị gia tăng được sản xuất tại Việt Nam.