Thứ nhất. Do nhận thức chưa đầy đủ về tầm quan trọng và vai trò của
ngân sách xã nên công tác lãnh đạo, chỉ đạo, hướng dẫn của các cấp các ngành chưa sâu sát. Vai trò quản lý Nhà nước của các cấp, các ngành trong công tác kiểm tra, kiểm soát chưa thường xuyên liên tục, chưa phát hiện kịp thời những sai sót, sai phạm để uốn nắn, xử lý.
Thứ hai. Chính quyền các địa phương chưa nhận thức thấu đáo các qui
định của Nhà nước về quản lý đất đai, quản lý tài chính ngân sách, quản lý đầu tư xây dựng cơ bản... nên còn buông lỏng quản lý trong công tác giao đất thu tiền trái thẩm quyền; giao thầu, khoán thầu quỹ đất công ích và hoa lợi công sản còn tuỳ tiện, vượt quá thời gian cho phép và chuyển mục đích sử dụng đất làm nhà ở vượt thẩm quyền, sai qui định. Quản lý, sử dụng các khoản chi hỗ trợ nhất là các khoản hỗ trợ cho dân sai mục đích, không đúng đối tượng, không công khai dân chủ gây thắc mắc khiếu kiện trong dân; Đầu tư xây dựng cơ bản tính toán không chặt chẽ, vượt quá nguồn lực của xã; đối tượng thụ hưởng ngân sách quá lớn, chưa phù hợp với nguồn thu còn hạn chế của ngân sách xã, dẫn tới công nợ lớn.
Thứ ba. Sự phối kết hợp giữa cấp và ngành trong chỉ đạo, điều hành
ngân sách xã chưa thật chặt chẽ; bên cạnh những nơi phối hợp khá tốt, còn một số địa phương thực hiện chưa tốt nên khó khăn vướng mắc chưa được tháo gỡ kịp thời, còn để tình trạng chính quyền xã, nhất là thôn, đội lợi dụng làm liều, vi phạm nghiêm trọng những qui định của Nhà nước phải xử lý.
Thứ tư. Mặc dù đội ngũ cán bộ quản lý nói chung, đội ngũ cán bộ
quản lý tài chính ngân sách xã nói riêng trong những năm vừa qua đã được tăng cường và củng cố: số cán bộ kế toán chưa qua đào tạo giảm 41 người, số có trình độ trung cấp tăng 80 người, đại học tăng 7 người so với giai đoạn 1997-2001; Tuy nhiên so với yêu cầu quản lý tài chính ngân sách xã trong giai đoạn mới hiện nay thì vẫn còn bất cập, đặc biệt trình độ chuyên môn nghiệp vụ của đội ngũ cán bộ kế toán ngân sách xã vẫn còn thấp, có cán bộ chưa qua đào tạo. Khả năng ứng dụng tin học vào quản lý vẫn còn ở mức thấp. Việc triển khai phần mềm kế toán xã ở Nam Định chưa hiệu quả chủ yếu do trình độ của cán bộ tài chính xã chưa đáp ứng được yêu cầu.