Năm 2002, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn với sự thỏa thuận của Bộ Khoa học, Công nghệ và Môi trường (nay là Bộ Tài nguyên và Môi trường) đã giao cho Phân viện Điều tra Quy hoạch Rừng Nam Bộ thực hiện đề tài “Xây dựng hệ thống phân loại đất ngập nước Việt Nam tương thích với bản đồ đất ngập nước tỷ lệ 1: 1.000.000”.
Căn cứ vào các tài liệu, bản đồ, kết quả nghiên cứu vềđịa lý, địa mạo, thủy văn, thảm thực vật, hiện trạng sử dụng đất để xây dựng cấu trúc hệ thống phân loại
đất ngập nước Việt Nam gồm 4 bậc: Hệ thống; Hệ thống phụ; Lớp; và Lớp phụ. Có 2 Hệ thống được phân chia dựa vào bản chất của nước: Hệ thống đất ngập nước mặn và Hệ thống đất ngập nước ngọt.
Có 6 Hệ thống phụ được phân chia từ Hệ thống dựa vào yếu tốđịa mạo: Đất ngập nước mặn ven biển; Đất ngập nước mặn cửa sông; Đất ngập nước mặn đầm phá; Đất ngập nước ngọt thuộc sông; Đất ngập nước ngọt thuộc hồ; Đất ngập nước ngọt thuộc đầm.
Có 12 Lớp được phân chia từ Hệ thống phụ dựa vào yếu tố thủy văn: Đất ngập nước mặn ven biển thường xuyên; Đất ngập nước mặn ven biển không thường xuyên; Đất ngập nước mặn cửa sông thường xuyên; Đất ngập nước mặn cửa sông không thường xuyên; Đất ngập nước mặn đầm phá thường xuyên; Đất ngập nước
mặn đầm phá không thường xuyên; Đất ngập nước ngọt thuộc sông thường xuyên;
Đất ngập nước ngọt thuộc sông không thường xuyên; Đất ngập nước ngọt thuộc hồ
thường xuyên; Đất ngập nước ngọt thuộc hồ không thường xuyên; Đất ngập nước ngọt thuộc đầm thường xuyên; Đất ngập nước ngọt thuộc đầm không thường xuyên.
Có 69 Lớp phụđược phân chia từ Lớp dựa vào yếu tố thực vật và hiện trạng sử dụng đất. Tên gọi của mỗi Lớp phụ mang đầy đủ các đặc tính của một đơn vị đất ngập nước từ bậc 1 đến bậc 4. Thí dụ: Đất ngập nước mặn ven biển, ngập thường xuyên, không có thực vật; Đất ngập nước ngọt thuộc sông, ngập không thường xuyên, canh tác thủy sản; Đất ngập nước ngọt thuộc hồ, ngập không thường xuyên, có cỏ hoặc cây bụi v..v[17]