Hồ chứa thủy điện Sơn La, là hồđiều tiết năm, hàng năm nhất thiết phải tích nước vào hồ từ đầu tháng 9 và giữ ở MNDBT đến tháng 12, vào mực nước hồ ở
NMDBT lớn nhất là 215m, và mực nước chết là 175m. Do đó trong mùa khô, một diện tích lớn đất được giải phóng khỏi tình trạnh bị ngập (còn gọi là vùng bán ngập).
Do đặc tính nói trên hồ chứa được chia thành các vùng đặc trưng sau đây:
• Vùng có thời gian ngập nước rất ngăn (vùng 1):
Vùng có thời gian ngập nước rất ngắn tức thời gian khô hạn rất dài (thường kéo từ 3 đến hơn 6 tháng) nên trong mùa khô, cây cối đặc biệt là cỏ và cây thân mềm có
điều kiện phục hồi và phát triển mạnh. Hơn nữa, vùng bán ngập này còn được cư dân sử dụng canh tác cây lương thực thực phẩm, hoa màu… Sau đó, khi ngập nước, các loại thân cây, xác thực vật bị thối rữa, phân hủy bổ sung nguồn gây ô nhiễm môi trường nước. Đây cũng là vùng nằm gần khu vực dân cư sinh sống nên chất lượng nguồn nước cũng bịảnh hưởng bởi các chất thải hữu cơ của người và gia súc đổ xuống.
• Vùng có thời gian ngập nước ngắn (vùng 2):
Thời gian khô hạn của vùng này ngắn hơn vùng 1, có đặc tính tương tự
nhưng khác nhau về mặt định lượng.
• Vùng có độ sâu từ giới hạn của vùng 2 đến mực nước chết (vùng 3):
Thời gian rút nước của vùng này rất ngắn nên hầu như các loài thực vật không đủ cơ hội để khôi phục lại. Nhiều loại vi sinh vật hay vi khuẩn hiếu khí hoạt
động mạnh do có đủ ánh sánh. Chất lượng nước của vùng nước này được cải thiện hơn so với 2 vùng trên.
• Vùng dưới mực nước chết (vùng 4):
Vùng này có mực nước khô đổi, độ sâu lớn. Đây là vùng xảy ra quá trình phân hủy mãnh liệt nhất của các chất hữu cơ trong thời kì mới tích nước. Nước hồ
do đó bị nhiễm bẩn bởi các tạp chất hữu cơ, hàm lượng oxy hòa tan thấp hơn nhưng cacbon dioxit cao. Quá trình nhiều năm tích nước, chất lượng nước trở về với trạng thái tự nhiên do quá trình phân hủy đã dịch chuyển dần lên lớp mặt và lớp giữa.