Trong những năm đầu tích nước, nguồn gây ô nhiễm lớn nhất là thực vật bị
ngập nước trong lòng hồ. Tổng diện tích đất bị ngập là 23.333 ha, trong đó đất nông nghiệp là 7.670 ha, đất lâm nghiệp có rừng là 3.170 ha, đất chuyên dùng là 879 ha,
đất chưa sử dụng là 11.087 ha. Sau khi chặt cây và thu dọn lòng hồ, nhiều chủng loại thực vật cũng đã mọc lại. Đất rừng, cây chồi, đồng cỏ và các nguồn thực vật bị
Hồ chưa thủy điện Sơn La là hồ điều tiết năm. Hàng năm, hồđược khai thác từ mực nước dâng bình thường đến mực nước chết. Từđầu tháng 1 đến đầu tháng 9 hàng năm, khoảng 8000 ha đất vùng bán ngập sẽ khô cạn.
Trong mùa cạn, người dân sử dụng đất vùng bán ngập để sản xuất nông nghiệp. Các loài cây canh tác phổ biến trong vùng là lúa, ngô, hoa màu… Ngoài ra, các thực vật trong nước như; lau, sậy, bìm bìm… cũng có điều kiện để khôi phục cùng với các loài khác như; rong, bèo… Vùng bán ngập của hồ còn chứa các loài cỏ
dại, lùm bụi… Sau thời kỳ khô hạn, khi nước lên, các loài thực vật này lại bị ngập nước, phân hủy và nguồn bổ sung các chất hữu cơ và vi sinh vật. Như vậy, hàng năm, một lượng lớn xác thực vật và đất canh tác ở vùng bán ngập nước đã bổ sung vào lòng hồ chứa các chất hữu cơ. Khối lượng các yếu tố này phụ thuộc vào cơ cấu sử dụng đất vùng đất bán ngập.
4.6.3. Thực vật nổi
Theo các tài liệu nghiên cứu, sau hoàn thành hồ thủy điện thì có, 175 loài thực vật nổi, trong đó có 125 loài thực vật nổi thuộc ngành tảo Silic (có số lượng loài đông nhất 53 loài, chiến 42,4% trên tổng số loài), tảo Lục (43 loài, chiến 34,4%), tảo Lam 25 loài chiếm 20% trên tổng số loài), tảo Giáp, tảo Vàng và Tảo Mắt (4 loài chiếm tỉ lệ 3,2%). Các nghiên cứu trong thời kỳ thiết kế công trình cũng
đã phát hiện thấy trong nước hồ có loài tảo gây màu xanh cho nước như: Closterium, Deccimideum có màu xanh lá cây. Loài tảo này thường phát triển tốt trong nước có hàm lượng nitơ và phốtpho cao. Trong những năm đầu tích nước của hồ chứa, hàm lượng chứa các hợp chất nitơ và phốtpho cao do sự phân hủy xác thực vật đã làm tăng sinh khối các loài tảo độc này trong nước hồ. Sự có mặt quá mức của loài tảo này có nghĩa là tính đa dạng sinh thái học của hồ chứa đang suy giảm, chất lượng nguồn nước đang bị ô nhiễm, có dấu hiệu của hiện tượng phú dưỡng nước.