Sản phẩm PCR được thu nhận và tinh sạch để sử dụng làm ADN mẫu dò trong kỹ thuật lai Southern Blot. Quá trình tinh chế nhằm thu lại ADN đích và loại bỏ các thành phần khác đặc biệt là mồi thừa trong hỗn hợp PCR có ảnh hưởng xấu đến hiệu quả gắn của mẫu dò với trình tự đích.
Bộ hóa chất Quick Gel Extraction Kit và quy trình kèm theo được sử dụng để tinh sạch sản phẩm PCR. Các bước thôi gel được tiến hành theo chỉ dẫn của hãng sản xuất. Sau khi PCR, sản phẩm được kiểm tra trên gel agrose 1% có bổ sung 0,05% EtBr, điện di trong khoảng 1 giờ 30 phút (U = 100V, I = 100 mA), soi UV để vạch gel. Gel thu được được thực hiện các bước thôi gel:
Bước 1: Băng ADN từ bản gel agarose được cắt bằng dao cắt gel và chuyển vào ống eppendorf 1,5ml đã được cân và chú thích trọng lượng ống.
Bước 2: Cân ống eppendorf 1,5 ml chứa gel để xác định trong lượng của gel, sau đó bổ sung dung dịch L3 buffer theo tỷ lệ 3:1 vào ống. Ủ hỗn hợp buffer L3 và gel ở 50oC trong vòng 10 phút, cứ 3 phút đảo ống gel một lần.
Bước 3: Mẫu được chuyển sang cột Gel Extraction; ly tâm ở nhiệt độ phòng V = 13000 v/p, t = 1 phút. Thu lại cột Gel, loại bỏ phần dịch.
Bước 4: Rửa cột Gel bằng dung dịch rửa ( WB ). Bổ sung dung dịch WB theo tỷ lệ thể tích 1 : 1 so với thể tích mẫu đã cho lên cột. Ly tâm lạnh ở 4oC, V = 13000 v/p, t = 1 phút. Loại bỏ phần dịch. Bước này được lặp lại 2 lần.
Bước 5: Ly tâm cột Gel ở 4oC, V = 13000 v/p, t = 1 phút nhằm loại bỏ hoàn toàn dịch rửa WB.
Bước 6: Chuyển cột Gel sang ống eppendorf mới. Bổ sung 30 µl dung dịch EB lên cột Gel, mẫu được giữ ở nhiệt độ phòng trong khoảng 5 – 10 phút. Ly tâm mẫu ở 4oC, V = 13000 v/p, t = 1 phút.
Bước 7: Mẫu được bảo quản trong tủ -20oC và được sử dụng làm mẫu dò trong phương pháp lai Southern blot.