Hầu hết các phương pháp chuyển gen hiện tại đều dựa trên cơ sở nuôi mô tế bào, nó đòi hỏi các tế bào chuyển gen phải được tái sinh thành cây [12]. Phát triển một hệ thống chuyển gen độc lập với nuôi cấy tế bào đã giành được nhiều sự quan tâm của các nhà khoa học. Cách tiếp cận này cho phép vượt qua rào cản về kiểu gen của cây biến nạp vốn ảnh hưởng rất nhiều đến hiệu quả chuyển gen. Mặt khác chi phí tài chính và thời gian chọn tạo sẽ được rút ngắn. Phương pháp chuyển gen qua ống phấn lần đầu tiên được báo cáo thành công trên cây bông [84]. Kỹ thuật này sau đó được sử dụng để chuyển gen ở một số cây trồng như: ngô [20], bông [50], lúa [28, 77], đậu tương [67, 43], lúa mì [79, 83], dưa hấu [17]. Một số báo cáo đã chỉ ra rằng có thể chuyển gen vào đậu tương thông qua ống phấn [36, 44]. Li và cs (2001) [43]đã thu được xấp xỉ 5000 hạt đậu tương sau khi xử lý hoa với ADN mang gen
bar. Khi kiểm tra tất cả các hạt thu được từ cây xử lý với ADN có chứa gen bar đều
không cho kết quả dương tính với gen này. Quan sát hình thái của một vài cây thấy có sự khác nhau, nhưng hạt của chúng không có khả năng nảy mầm. Thí nghiệm
khác với gen GUS, nhóm tác giả thu được gần 2% số hạt của các cây được xử lý với ADN chứa gen GUS dương tính khi kiểm tra. Tuy nhiên, khi cho hạt nảy mầm và tiến hành lấy lá phân tích thì không cho thấy có sự hoạt động của gen GUS. 3% hạt thu từ các cây thế hệ sau được kiểm tra đều không thấy có biểu hiện của gen GUS.
Shou và cs (2002) [67] đã tiến hành chuyển gen vào 8 giống đậu tương, trong đó có giống mô hình William 82 bằng kỹ thuật chuyển gen qua ống phấn dựa trên phương pháp của Liu và cs (1992) [44]. Tuy nhiên kết quả đã không thành công như mong
muốn. Nhiều báo cáo trước đây khi sử dụng phương pháp chuyển gen này cũng đều chỉ ra những hạn chế của phương pháp [36, 84].