Bên cạnh những thuận lợi thì sự phát triển kinh tế - xã hội nói chung và phát triển DNNVV nói riêng trong thời gian tới cũng phải đối mặt với nhiều khó khăn và thách thức, cụ thể:
- Tuy đã đạt được một số thành tựu về phát triển kinh tế - xã hội, nhưng
nhìn chung xuất phát điểm của nền kinh tế Việt Nam vẫn ở trình độ thấp, hệ thống kết cấu hạ tầng (hệ thống giao thông, thông tin liên lạc, điện, nước,...) còn thiếu và yếu; mặt bằng sản xuất - kinh doanh chật hẹp, nằm xen kẽ trong các khu dân cư , khó cung cấp các tiện ích công cộng và cải thiện môi trường, cải thiện điều kiện sản xuất và nâng cao chất lượng sản phẩm; trình độ công
- Khung pháp lý cho hoạt động của doanh nghiệp nói chung và DNNVV nói riêng chua được xây dựng một cách đầy đủ và đồng bộ. Nhiều văn bản pháp quy dưới Luật chưa được ban hành kịp thời và thiếu nhất quán đã gây không ít cản trở trong quá trình thực hiện. Chất lượng một số Luật về kinh tế, một số các văn bản pháp quy dưới luật còn yếu.
- Thị trường nội địa kém phát triển và chưa hoàn chỉnh, tuy nhu cầu tiêu
dùng của dân cư là rất lớn, nhưng vì thu nhập của dân cư còn chưa cao nên các doanh nghiệp ít có co hội đế đầu tư phát triến.
- Mặc dù Chính phủ đã và đang thực hịên nhiều chính sách kinh tế-xã hội, nhưng sự phát triển chênh lệch giữa thành thị và nông thôn, giữa đồng bằng và vùng núi đang ngày càng thế hiện rõ nét. Trong khi kinh tế các vùng đô thị tăng trưởng với tốc độ cao thì ở nông thôn, đặc biệt là những vùng thuần nông, vùng thường bị thiên tai lại phát triến rất chậm, đã gây khó khăn cho việc phát triển một số ngành (điển hình là công nghiệp chế biến), mối liên
kết giữa sản xuất nguyên liệu và chế biến lỏng lẻo và không bền vững.
- Thiếu sân choi bình đắng cho DNNVV phát triến, điều này thế hiện ở sự thiếu đồng bộ, thiếu thống nhất và liên tục thay đối trong các cơ chế, chính sách; chi phí gia nhập thị trường cao; việc thực thi chính sách thiếu thống nhất
từ trung ương tới địa phương; quy hoạch vừa “thừa” vừa “thiếu”; không ít quy họach đã tỏ ra lạc hậu, không còn phù hợp với tình hình đã thay đối; đã trở thành cản trở lớn đổi với phát triến kinh doanh và gây lãng phí.
- Các hoạt động kinh doanh chưa minh bạch đã và đang nuôi dưỡng một
gia nhập Tổ chức Thương mại Thế giới bên cạnh việc đem lại nhiều thụân lợi quan trọng, cũng đồng nghĩa với việc các doanh nghiệp Việt Nam phải “chơi cùng sân” với các doanh nghiệp quốc tế, Nhà n ớc phải cắt giảm những chính sách bảo hộ đối với sản xuất trong n óc (giảm thuế và mở cửa cho hàng hoá nhập khấu...) và tù’ bở chính sách bao cấp. Trong khi các doanh nghiệp quốc tế có tiềm lực kinh tế mạnh, có công nghệ hiện đại, có nhiều kinh nghiệm trong cạnh tranh, thì các DNNVV của Việt Nam vốn dĩ đã yếu kém, lại chưa nhận thức đúng mức độ sự ảnh hưởng của quá trình này đối với mình và cho rằng doanh nghiệp của mình sản xuất với quy mô nhỏ, chỉ tiêu thụ trong nước và quá trình hội nhập không ảnh hưởng đến mình.
- vẫn còn sự bảo hộ của nhà nước đối với khu vực DNNN... mà chưa quan tâm đúng mức tới các DNNVV cũng góp phần hạn chế năng lực cạnh tranh của DNNVV. Trong xã hội vẫn tồn tại biếu hiện phân biệt đối xử, chưa thực sự bình đắng, cởi mở đối với khu vục DNNVV, vai trò, vị trí của khu vực DNNVV chưa được đánh giá đúng mức. vẫn còn quan điểm cho rằng DNNVV là phần thêm vào của nền kinh tế, là khu vực thường xuyên vi phạm luật pháp, chưa coi các DNNVV là một trong những yếu tố nòng cốt trong chuyển đối cơ cấu kinh tế. Bên cạnh đó, tư tưởng của dân cư , của lóp thanh niên còn ưu chuộng những chồ làm việc tại các cơ quan nhà nước, tư tưởng tự khởi nghiệp kinh doanh, tự tạo ra chỗ làm việc và thu nhập cho mình và cho những người xung quanh chưa cao.
- Cải cách hành chính chậm, thiếu kiên quyết, bộ máy hành chính chậm
đối mới, kém hiệu lực và thiếu hiệu quả; một bộ phận không nhỏ đội ngũ cán bộ công chức còn nhiều bất cập, yếu kém về năng lực, phẩm chất, chất tương xứng với cương vị, trách nhiệm được giao là trở ngại lớn trong việc đưa cơ chế, chính sách khuyến khích, phát triến doanh nghiệp vào thực hiện, làm
tăng chi phí và giảm nhiệt huyết của doanh nghiệp trong quá trình thành lập và hoạt động sản xuất kinh doanh.