-Màng tế bào: cĩ ảnh hưởng rất lớn đến quá trình khuếch tán. Khi hải miên cịn sống xảy ra quá trình trao đổi chất tại màng cĩ tính chọn lọc và khi chiết màng
tế bào là nơi xảy ra hiện tượng khuếch tán thẩm thấu, tùy trong từng trường họp mà phải cĩ biện pháp chiết rút hiệu quả.
- Chất nguyên sinh: Chất nguyên sinh cĩ tính bán thấm, chỉ thấm với dung mơi, khơng cho chất tan đi qua, do đĩ để chiết xuất được chất tan trong tế bào phải tìm cách phá hủy được chất nguyên sinh bằng cách làm đơng vĩn bằng nhiệt.
- Một số tạp chất cĩ trong nguyên liệu (nguyên liệu cĩ chứa nhiều pectin, gơm hoặc chất nhầy, nguyên liệu cĩ chứa nhiều tinh bột, nguyên liệu cĩ chứ nhiều chất béo, dầu mỡ, tinh dầu, sáp, nhựa, enzyme...): chúng cĩ thể trương nở gây tăng độ nhớt cản trở quá trình chiết xuất, đối với nguyên liệu nhiều chất béo, tinh dầu, sáp, nhưa,... thì chúng là những chất tan tốt trong dung mơi khơng phân cực, vì vậy nếu dung mơi chiết là nước thì chúng sẽ cản trở quá trình chiết xuất, do đĩ phải loại chứng đi bằng dung mơi phân cực. Đối với thực vật chứa nhiều enzyme thì tuỳ từng trường hợp mà gây cản trở hay thuận lợi cho quá trình chiết xuất.
Nguyên liệu trước khi chiết xuất cần kiểm tra chúng thuộc loại hải miên gì, được thu ở đâu, thời gian thu hái. Tùy vào từng lồi và từng địa điểm thu hái khác nhau thì cho các hoạt tính khác nhau, để đảm bảo hoạt chất mong muốn cĩ hàm lượng cao nhất. Nguyên liệu sau đĩ cĩ thể làm khơ nếu quá nhiều thiếu nơi bảo quản hoặc để tươi mà chiết. Nhiều hoạt chất rắn rất dễ bị biến đổi trong quá trình làm khơ hoặc ngay khi cịn tươi nếu khơng xử lý để diệt enzym. Kích thước của nguyên liệu sau khi nghiền cũng là một yếu tố quan trọng ảnh hưởng tới chất lượng và hiệu quả của quá trình chiết.