để phản ứng nhân gen thu ựược kết quả tốt nhất, chúng tôi ựã tiến hành tối ưu hóa nhiệt ựộ gắn mồi (ựây là ựặc tắnh ảnh hưởng ựến tắnh ựặc hiệu cũng như hiệu suất của phản ứng PCR). Với thành phần phản ứng (bảng 2.3), dải nhiệt ựộ gắn mồi ựược tiến hành từ 48 oC ựến 55oC, với bước thay ựổi nhiệt ựộ là 1oC. Phản ứng PCR theo thang nhiệt ựộ ựược tiến
Trường đại học Nông nghiệp Hà Nội Ờ Luận văn thạc sĩ khoa học nông nghiệp ẦẦẦẦẦẦẦẦ 67
hành trên máy chu trình nhiệt AB 96 giếng. Kết quả phản ứng ựược thể hiện qua hình 3.7; hình 3.12;.v.v.
Hình 3.7. Kết quả nhận dạng di truyền các mẫu nguồn gen lúa bằng chỉ thị
SSR RM6612, và RM7012. Trong ựó: M. DNA 100 ladder; 1-60: thứ tự các mẫu nguồn gen lúa nghiên cứu (bảng 2.1)
RM6672
Trường đại học Nông nghiệp Hà Nội Ờ Luận văn thạc sĩ khoa học nông nghiệp ẦẦẦẦẦẦẦẦ 68
Hình 3.8. Kết quả phản ứng PCR của các mẫu nguồn gen lúa với 30 cặp mồi SSR liên kết với tắnh kháng ựạo ôn (ô ựen-có alen ghi nhận, ô trắng-không có alen ghi nhận)
Trường đại học Nông nghiệp Hà Nội Ờ Luận văn thạc sĩ khoa học nông nghiệp ẦẦẦẦẦẦẦẦ 69
Hình 3.8. Kết quả phản ứng PCR của các mẫu nguồn gen lúa với 30 cặp mồi SSR liên kết với tắnh kháng ựạo ôn (ô ựen-có alen ghi nhận, ô trắng-không có alen ghi nhận) (tiếp)
Trường đại học Nông nghiệp Hà Nội Ờ Luận văn thạc sĩ khoa học nông nghiệp ẦẦẦẦẦẦẦẦ 70
Hình 3.8. Kết quả phản ứng PCR của các mẫu nguồn gen lúa với 32 cặp mồi SSR liên kết với tắnh kháng bạc lá (ô ựen- có alen ghi nhận, ô trắng-không có alen ghi nhận)
Trường đại học Nông nghiệp Hà Nội Ờ Luận văn thạc sĩ khoa học nông nghiệp ẦẦẦẦẦẦẦẦ 71
Hình 3.8. Kết quả phản ứng PCR của các mẫu nguồn gen lúa với 32 cặp mồi SSR liên kết với tắnh bạc lá (ô ựen-có alen ghi nhận, ô trắng-không có alen ghi nhận) (tiếp)
Trường đại học Nông nghiệp Hà Nội Ờ Luận văn thạc sĩ khoa học nông nghiệp ẦẦẦẦẦẦẦẦ 72
Thống kê kết quả nhân gen của 58 mẫu nguồn gen lúa và 04 giống lúa tham chiếu (ựối chứng) bằng 62 chỉ thị SSR ựược thể hiện ở hình 3.7, 3.12, 3.13, 3.14.v.v. Do sử dụng phần mềm TotalLab TL120 1D (Lã Tuấn Nghĩa và cs., 2012b) ựể ghi nhận kết quả phản ứng pCR (với tiêu chắ các alen thể hiện trên ảnh ựiện di rõ ràng, sắc nét, trong phạm vi kắch thước ựã công bố tương ứng với mỗi mồi SSR) nên có những băng alen ựiện di không ựạt yêu cầu bị loại bỏ. Trong số 3720 phản ứng PCR (tổ hợp PCR) ựã thực hiện có 3136 tổ hợp có sản phẩm PCR ựược ghi nhận phù hợp với yêu cầu phần tắch (ựạt 84.30%%), còn lại 584 tổ hợp không có alen ựã ựược ghi nhận (chiếm 15,70%).
3.2.3. đa dạng di truyền liên quan ựến khả năng kháng ựạo ôn