GV và HS tiến hành dự án theo kế hoạch tương ứng đã được trình bày ở chương 2, có kèm thời gian dự kiến và phân chia các công việc cụ thể cho từng ngày. Tùy thuộc vào quy mô mà một dự án dạy học có thể được tiến hành trong thời gian khoảng 2 tuần hoặc dài hơn. Tuy nhiên, GV có thể linh động thay đổi thời gian và các bước để dự án được hoàn thành một cách tốt nhất. Nhìn chung, một dự án dạy học có thể được chia làm 3 giai đoạn sau:
Giai đoạn 1: GV dành khoảng 1 tiết học để triển khai dự án, HS nghiên cứu sơ lược nội dung kiến thức bài học, tìm hiểu kế hoạch dự án và đề xuất các ý tưởng. Đây là một buổi làm việc theo dạng tương tác cao, do không chỉ GV phải đảm bảo HS nắm được các yêu cầu trọng tâm của dự án, mà còn phải tiếp thu các ý kiến đóng góp từ phía HS để sửa đổi, bổ sung kế hoạch dự án – các công việc cụ thể, để phù hợp nhất với khả năng và đặc điểm của các em. Nếu giai đoạn này được thực hiện tốt thì sẽ gây được hứng thú của HS, chính điều này quyết định chất lượng của dự án và của việc dạy học theo dự án. GV lưu ý phân chia nhóm và nhiệm vụ của mỗi em theo mức độ tích cực hoạt động, sở thích và sở trường của từng em.
Giai đoạn 2: HS tự hoạt động theo đúng tiến độ dự án, đồng thời thường xuyên phản hồi trên website lớp học dự án mà GV đã cung cấp để GV theo dõi, đánh giá và điều chỉnh. Các nhóm có thể tổ chức họp nhóm đột xuất (nhóm trưởng quyết định và thông qua GV, có phản hồi đánh giá buổi họp). Ngoài ra, GV còn tổ chức một số buổi họp chính thức, gặp gỡ chuyên gia, tham quan thực tế theo kế hoạch dự án. HS chuẩn bị sản phẩm và buổi báo cáo dự án.
Giai đoạn 3: Buổi báo cáo nhằm để HS trình bày về sản phẩm thu được, thảo luận với các bạn thông qua hoạt động phản hồi tích cực. Sau đó, GV đưa ra kết quả đánh giá và tổ chức cho lớp ăn mừng dự án thành công.
