* Về cấu trúc chuyên môn
- Học viện tiếp tục duy trì đào tạo 3 cấp (đại học, cao học và NCKH) với các loại hình đào tạo tập trung, tại chức và các hệ đào tạo chính qui, tại chức, hoàn chỉnh kiến thức, đại học bằng 2.
Thực hiện định hướng đào tạo đa ngành, trên cơ sở tập trung nâng cao hơn nữa chất lượng đào tạo những chuyên ngành Học viện có thế mạnh:
chuyên ngành kế toán, kiểm toán, quản lí tài chính nhà nước, thuế, thị trường chứng khoán.
Về qui trình và chương trình đào tạo được điều chỉnh theo hướng lấy người học là trung tân của quá trình đào tạo. Chương trình đào tạo hướng tới tăng thời lượng thực hành thực tế, giảm giờ lên lớp, đồng thời đảm bảo tính liên thông giữa các cấp đào tạo nhằm nâng cao hiệu quả đào tạo của Học Viện nói riêng và của hệ thống đào tạo ngành tài chính nói chung.
* Về mô hình tổ chức quản lý:
Từ năm đến 2009, duy trì về cơ bản tổ chức bộ máy hiện nay của Học viện. Trong những năm tới tập trung vào một số công việc như: củng cố Trung Tâm bồi dưỡng; kiện toàn một số Khoa, Bộ môn nhằm thực hiện tốt việc mở chuyên ngành và ngành đào tạo mới. Thành lập mới và sắp sếp lại các Ban quản lý trên cơ sở tập trung và phân định rõ chức năng, nhiệm vụ, đáp ứng yêu cầu đổi mới của các công tác quản lý. Đồng thời thành lập các Trung Tâm dịch vụ nhằm mở rộng hoạt động tư vấn dịch vụ cho xã hội, tạo nguồn thu cho Học viện.
Giai đoạn 2009-2015, phát triển các Viện nghiên cứu chuyên ngành (trên cơ sở các khoa cùng ngành đào tạo), để dần tiến tới mô hình trong Học viện gồm nhiều Viện nghiên cứu, xoá bỏ cấp quản lý hành chính cấp khoa như hiện nay, các Viện vừa là đơn vị chịu trách nhiệm về chuyên môn, đồng thời là cấp quản lí hành chính trực tiếp các Bộ môn. Phát triển mô hình này sẽ đạt được 2 mục tiêu: Giảm đầu mối quản lý, nâng cao vai trò của bộ môn và đạt được mục tiêu quan trọng là tạo điều kiện gắn kết giữa đào tạo, nghiên cứu với thực tiễn (mỗi cán bộ vừa là giáo viên, vừa là nghiên cứu viên, vừa có thể tham gia hoạt động thực tiễn) đồng thời mô hình này là cơ sở để phát triển Học viện với qui mô lớn hơn nữa. Trong Học viện sẽ bao gồm các viện chuyên ngành trực thuộc, với chức năng như một đơn vị đào tạo độc lập. Song song với hệ thống các Viện, thành lập các hệ thống công ty trên cơ sở các