Trong phạm vi địa bàn hoạt động hải quan, cơ quan hải quan chịu trỏch nhiệm kiểm tra phƣơng tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh. Phƣơng tiện vận tải nhập cảnh phải đƣợc làm thủ tục hải quan tại cửa khẩu nhập đầu tiờn, phƣơng tiện vận tải xuất cảnh phải đƣợc làm thủ tục hải quan tại cửa khẩu xuất cuối cựng. Khi làm thủ tục hải quan đối với phƣơng tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh, quỏ cảnh. Chủ phƣơng tiện vận tải hoặc ngƣời điều khiển phƣơng tiện vận tải phải khai hải quan; nộp, xuất trỡnh cỏc chứng từ vận tải để làm thủ tục hải quan; cung cấp cỏc thụng tin, chứng từ về hàng hoỏ xuất khẩu, nhập khẩu, vật dụng trờn phƣơng tiện vận tải. Trong trƣờng hợp cỏc chứng từ vận tải đó đỏp ứng yờu cầu của việc kiểm tra hải quan thỡ chủ phƣơng tiện vận tải hoặc ngƣời điều khiển phƣơng tiện vận tải khụng phải làm tờ khai hải quan, trừ hành lý, hàng hoỏ xuất khẩu, nhập khẩu của ngƣời xuất cảnh, nhập cảnh trờn phƣơng tiện vận tải. Khi cú căn cứ nhận định trờn phƣơng tiện vận tải xuất
cảnh, nhập cảnh, quỏ cảnh, chuyển khẩu cú cất dấu hàng hoỏ trỏi phộp, cú dấu hiệu vi phạm phỏp luật nghiờm trọng thỡ Chi cục trƣởng Hải quan quyết định tạm hoón việc khởi hành hoặc dừng phƣơng tiện vận tải để khỏm xột.
Thụng quan
Trờn cơ sở kết quả tự tớnh thuế của chủ hàng và kết quả kiểm tra thực tế hàng hoỏ của cụng chức hải quan, cụng chức hải quan ấn định số thuế quan và cỏc nghĩa vụ tài chớnh phải nộp bằng thụng bỏo thuế hay quyết định điều chỉnh thuế hoặc thực hiện viết biờn lai thu thuế ngay trong trƣờng hợp hàng phi mậu dịch.
Thời hạn thực hiện nghĩa vụ thuế cũng nhƣ cỏc nghĩa vụ tài chớnh khỏc theo quy định của Luật thuế xuất khẩu, nhập khẩu.
Sau khi đó làm xong thủ tục hải quan, hàng hoỏ, phƣơng tiện vận tải đƣợc thụng quan. Tuy nhiờn trong một số trƣờng hợp chƣa làm xong thủ tục hải quan nhƣng nếu đƣợc Chi cục trƣởng xem xột, đồng ý thỡ cú thể đƣợc thụng quan, nhƣ: