Th c hi n HQ T, doanh nghi p đ c h ng thêm nhi u l i ích so v i th t c HQ truy n th ng đó lƠ:
- Doanh nghi p có th khai HQ t i b t c đ a đi m nƠo có máy tính k t n i m ng internet vƠ đ c thông quan ngay đ i v i lô hƠng thu c di n đ c mi n ki m tra h s gi y vƠ mi n ki m tra th c t hƠng hóa.
- Doanh nghi p đ c s d ng t khai đi n t in t h th ng c a doanh nghi p, có ch ký vƠ đóng d u c a doanh nghi p thay cho t khai gi y vƠ các ch ng t kèm theo đ nh n hƠng vƠ lƠm ch ng t v n chuy n hƠng hóa trên đ ng.
- Doanh nghi p có th khai báo HQ b t kì lúc nƠo thay cho vi c ch có th khai trong gi hƠnh chính nh tr c đơy.
- Doanh nghi p th c hi n th t c HQ T s đ c quy n u tiên th t ki m tra đ i v i các lô hƠng ph i ki m tra chi ti t h s ho c ki m tra th c t hƠng hóa.
- Doanh nghi p đ c c quan HQ cung c p thông tin v quá trình x lý h s HQ T thông qua h th ng x lý d li u đi n t HQ.
- Doanh nghi p đ c l a ch n hình th c n p l phí (theo tháng ho c theo t ng t khai) thay vì ch có th n p theo t ng t khai nh th t c HQ truy n th ng.
- H s thanh kho n h p đ ng gia công vƠ nh p nguyên li u s n xu t xu t kh u đ n gi n h n, thay vì ph i n p ch ng t b ng gi y thì doanh nghi p đ c s d ng h s đi n t đ thanh kho n.
- Thông tin gi a h th ng c a HQ vƠ doanh nghi p đ c qu n lý đ ng b trên máy tính, t o đi u ki n thu n l i cho vi c tra c u, tìm ki m thông tin.
- Doanh nghi p có th đ ng ký th t c HQ T t i b t kì Chi c c HQ nƠo thay vì vi c ph i lƠm đ ng ký t i t ng Chi c c nh tr c đơy.
- Doanh nghi p có th ch đ ng trong quá trình khai báo HQ vƠ s p x p th i gian đi nh n hƠng vƠ xu t hƠng.
Bên c nh vi c đánh giá cao hi u qu c a vi c tri n khai HQ T, doanh nghi p c ng có m t s ph n h i nh : Các tiêu chí phơn lo i ngƠy cƠng nhi u vƠ ngƠy cƠng ph c t p trong khi thông tin liên quan l i ch a đ c c p nh t, xơy d ng nên có không ít tr ng h p h th ng đ a ra k t lu n phơn lu ng ch a chính xác. H th ng đ ng truy n v n có l i t s không t ng thích gi a h th ng HQ v i doanh nghi p. Th t c HQ T c ng ch m i di n ra gi a doanh nghi p vƠ HQ, ch a g n k t th t c đi n t v i các B ngƠnh liên quan.