Tuy chủ trương của Bộ GD – ĐT là đúng đắn nhưng thực tế triển khai còn vấp phải nhiều khó khăn trở ngại, nếu không muốn nói là bất cập. Việc đầu tiên được nhắc tới có lẽ là ứng dụng CNTT trong quản lý và điều hành ngành giáo dục. Đây là một trong những trọng tâm ưu tiên của ngành nên nó được triển khai khá sớm, và bản thân đội ngũ cán bộ, viên chức trong ngành đều có nhận thức và kỹ năng CNTT tương đối khá. Các ứng dụng được đưa vào mảng này bao gồm phần mềm quản lý tài chính, quản lý thi và tuyển sinh, quản lý cơ sở vật chất, hệ thống thư viện và học liệu…, thế nhưng thực tế lại cho thấy việc triển khai vẫn chưa thực sự đồng bộ, và phần lớn còn mang tính tự phát.
Cũng liên quan tới vấn đề này, hiện vẫn chưa có phần mềm lõi về quản lý điều hành trong phạm vi Sở và các cơ quan trực thuộc; đồng thời cũng chưa có hệ thống cơ sở dữ liệu chung cho các ngành. Các nhân lực phụ trách trực tiếp thực hiện ứng dụng
CNTT trong các cơ quan còn thiếu. Đó là chưa kể tới bất cập trong đội ngũ giáo viên cơ sở tại các trường học địa phương. Không phải ai cũng rành về CNTT để đổi mới phương pháp giảng dạy theo yêu cầu của Bộ.
Ngoài ra, một yếu tố không kém phần quan trọng khác chính là ý thức học tập theo phương pháp mới của học sinh - sinh viên. Theo một vị quan chức của ngành giáo dục thì ngoài những chuyển biến mang tính chất hệ thống từ trên ra, học sinh - sinh viên chính là đối tượng sau cùng cho thấy việc ứng dụng CNTT trong giảng dạy có hiệu quả hay không. Nói cách khác, sự thành công sẽ được đánh giá qua chất lượng học tập cuối cùng của học sinh - sinh viên.