Công ty Vedan Việt Nam đã thực hiện các biện pháp khắc phục hậu quả vi phạm theo kết luận kiểm tra số 427/KLKTr-TCMT ngày 29 tháng 5 năm 2009 của Tổng cục Môi trường, với khoản kinh phí đã đầu tư là 33.187.516 USD, cụ thể bao gồm:
- Tháo bỏ toàn bộ các tuyến ống ngầm dài trên 2.200 m, 04 máy bơm và 03 họng xả chất thải ngầm cắm sâu 10 m xuống sông Thị Vải; dừng việc thải nước thải vào hệ thống 21 hồ sinh học và bơm nước thải từ 21 hồ này vào hệ thống xử lý, đảm bảo chất lượng nước tại các hồ đã được làm sạch; lắp đặt công tơ điện riêng biệt và đồng hồ đo lưu lượng của hệ thống xuất khẩu CMS ra tàu thủy; lập nhật ký vận hành của các hệ thống xử lý nước thải.
- Hoàn thành việc cải tạo, nâng cấp 03 hệ thống xử lý nước thải hiện hữu (4.000 m3/ngày); xây dựng mới 02 hệ thống xử lý nước thải sản xuất (5.000 m3/ngày) và 01 hệ thống xử lý nước thải sinh hoạt (300 m3/ngày), với tổng công suất thiết kế là 9.300 m3/ngày; lắp đặt 03 hệ thống quan trắc tự động, đảm bảo nước thải sau xử lý đạt quy chuẩn kỹ thuật quốc gia (QCVN).
- Xây dựng và lắp đặt mới 04 dây chuyền sản xuất phân bón (nâng tổng số lên 08 dây chuyền), 01 máy cô đặc dịch thải sau lên men TVR (nâng tổng số lên 02 máy) và các tồn tại về môi trường khác theo đúng cam kết.
Về phía người dân, Vedan cam kết bồi thường 100% thiệt hại theo yêu cầu cho người bị thiệt hại ở Đồng Nai, Bà Rịa-Vũng Tàu và Thành phố Hồ Chí Minh với số tiền gần 220 tỷ đồng. Trong số này, người dân Đồng Nai nhận gần 120 tỷ đồng; Bà Rịa-Vũng Tàu nhận hơn 53,6 tỷ đồng và Thành phố Hồ Chí Minh nhận hơn 45,7 tỷ đồng.
Ngoài số tiền bồi thường cho nông dân bị thiệt hại của các địa phương, Vedan cũng đã thanh toán toàn bộ chi phí kiểm tra, giám sát, phân tích mẫu, đánh giá môi trường, các hoạt động tư vấn và một số chi phí khác liên quan đến việc giải quyết vụ Vedan xả thải gây ô nhiễm môi trường, gây thiệt hại cho 3 địa phương, mỗi địa phương 500 triệu đồng.