Nhờ những tiến bộ của công nghệ sinh học, đặc biệt là công nghệ DNA đã giúp cho quá trình chọn tạo giống cà chua trở nên dễ dàng và hiệu quả hơn nhiều. Cây cà chua là cây trồng được nghiên cứu sớm nhất về cấu trúc bản đồ liên kết di truyền. Trên cà chua, lập bản đồ gen kháng bệnh rất được quan tâm. Các chỉ thị
DNA dùng để đánh dấu và lập bản đồ nhiều gen kháng bệnh. Quần thể để lập bản
đồ hầu hết sử dụng quần thể F2 hoặc quần thể lai lại BC1. Sự kết hợp giữa phương pháp truyền thống và công nghệ DNA đã hình thành hướng chọn tạo giống mới đó là chọn tạo giống nhờ chỉ thị phân tử (MAS) và biến nạp gen (Gene transformation). Trong hai thập kỷ qua hàng loạt dạng chỉ thị phân tử đã được phát triển. Trong số
Học viện Nông nghiệp Việt Nam – Luận văn Thạc sỹ Khoa học Nông nghiệp Page 33
1000 chỉ thị RFLP, 148 chỉ thị SSR, 77 chỉ thị CAPS đã được lập bản đồ trên 12 nhiễm sắc thể của cà chua. Phát triển và sử dụng chỉ thị dựa trên phản ứng PCR (PCR- based marker) ngày càng tăng do thuận tiện sử dụng, rẻ, nhanh hơn các chỉ thị truyền thống khác (RFLP, AFLP). Chỉ thị phân tử và bản đồ di truyền giúp các nhà chọn giống nhận biết được các gen của nhiều tính trạng nông sinh học là điều kiện đánh giá nguồn gen và chọn giống cà chua dựa trên chỉ thị phân tử. Chọn giống nhờ chỉ thị phân tửở cà chua có liên quan đến liên kết chặt với mức độđa hình trong các loài cà chua trồng khi sử dụng phương pháp này (Bùi Thị Lan Hương, 2010) .
Với mục tiêu lập bản đồ liên kết đối với các tính trạng chất lượng quả cà chua trồng và các loài liên quan phục vụ chọn tạo phát triển giống cà chua chất lượng cao, Jiaxin Xu et al. (2012) đã phân tích kiểu hình và kiểu gen của 44 giống cà chua thuộc loài S. esculentum, 127 giống cà chua cherry thuộc loài S. lycopesicum var.
cerasiforme và 17 mẫu giống thuộc loài cà chua hoang dại S. pimpinellifolium. Các tác giảđã tìm ra 10 tính trạng qui định chất lượng quả cà chua và chỉ ra 40 tổ hợp lai gene liên kết đến chất lượng quả. Kết quả này chỉ ra tiềm năng và giới hạn sử dụng các tổ hợp lai gene trong tạo giống cà chua chất lượng.
Ứng dụng công nghệ sinh học trong việc xác định hình thái cây con (Rao et al., 2006), đánh giá đa dạng di truyền và mối quan hệ của các giống cùng chi Lycopersicon (Alvares et a.l, 2001); (Kochieva et al, 2002); (Tikunov et al., 2003). Chỉ thị phân tử còn được dùng để xác định các chỉ thị liên kết với các tính trạng quan trọng, phân lập gen và thiết lập bản đồ gen của cây cà chua (Areshchenkova and Ganal, 2002); (Sanchez et al., 2010).
Để phát triển các giống cà chua chất lượng cao trong sản xuất, sử dụng phương pháp lai trở lại và phân tích tính trạng số lượng của hai loài phụ
Lycopersicon hirsutum LA 407 và L. esculentum, (Eileen et al., 2004), đã chứng minh hai tính trạng đa gene (QTL trên bản đồ gene nằm trên các nhiễm sắc thể số 4 và số 11 có vai trò làm tăng màu đỏ của quả cà chua. Điều này mở ra hướng ứng dụng trong công tác chọn tạo giống cà chua giàu lycopen và cà chua có chất lượng cao (Georgelis N., et al. 2004).
Học viện Nông nghiệp Việt Nam – Luận văn Thạc sỹ Khoa học Nông nghiệp Page 34