Việc nhà máy giấy Hoàng Văn Thụ đang tiến hành xây dựng lại hệ thống xả nước thải nên hệ thống xử lí nước thải nhà máy không đáp ứng đủ việc xử lí chất lượng nước thải ra sông Cầu đã khiến chất lượng nước thải nhà máy giấy không đáp ứng đầy đủ được các tiêu chuẩn, lượng nước thải này khi được đưa vào sông Cầu sẽ khiến chất lượng nước sông Cầu bị suy giảm đáng kể. Nhà máy giấy cần nhanh chóng xây dựng và đưa hệ thống xử lí chất thải vào hoạt động trở lại, đồng thời trong thời gian xây dựng cần đưa ra các giải pháp thiết thực xử lí lượng nước xả thải nhằm hạn chế đến mức tối đa tác động tiêu cực đến chất lượng nước sông Cầu.
Theo kết quả khảo sát thực địa cho thấy, tại khu vực đoạn sông nghiên cứu, dòng chảy bị hạn chế rất nhiều do trên bề mặt sông xuất hiện rất nhiều đồi cát (do quá trình khai thác cát sỏi tạo ra), bề mặt lòng sông không bằng phẳng – có nhiều vùng nước “chết”, điều này làm hạn chế rất nhiều quá trình tự làm sạch của sông (hạn chế quá trình pha loãng nước thải, hạn chế quá trình oxy hóa các hợp chất hữu cơ và dinh dưỡng trong nước), gây ô nhiễm cục bộ.
Do đó, ngoài việc xử lý triệt để nước thải tại nguồn phát sinh trước khi đổ xuống sông thì việc nạo vét lòng sông, khơi thông dòng chảy tại đoạn sông cũng là một giải pháp quan trọng. Hơn nữa, trong tương lai gần, với điều kiện thực tế địa phương việc thực hiện hiện công tác xử lý triệt để các nguồn nước thải trước khi thải ra môi trường còn gặp nhiều khó khăn (đặc biết khó khăn trong việc thu gom và xử lý triệt để các nguồn thải dân sinh như nước thải sinh hoạt,...) thì việc nạo vét, khơi thông dòng chảy trên đoạn sông có thể được coi là giải pháp phù hợp và khả thi nhất.
Giảm thiểu, xử lý triệt để các nguồn nước thải phát sinh trước khi thải ra sông, đối với giải pháp này, việc xử lý triệt để các nguồn nước thải phát sinh từ các cơ sở sản xuất công nghiệp hoàn toàn có thể thực hiện được thông qua việc áp dụng nghiêm túc và chặt chẽ các điều khoản quy định trong Luật Bảo vệ môi trường. Tuy nhiên, đối với nước thải phát sinh từ các hoạt động dân sinh (nước thải sinh hoạt), các dòng thải mặt (nước mưa chảy tràn) thì việc thực hiện xử lý triệt nước thải tại nguồn trong điều kiện địa phương còn gặp rất nhiều khó khăn.