Các cơ sở sản xuất giấy ở Việt Nam đa số là trung bình hoặc nhỏ lẻ, nên có khả năng gây ô nhiễm nguồn nước cao.
Hiện nay, hầu hết các nhà máy giấy đều chưa xây dựng hệ thống xử lý nước thải hoặc nếu có thì xử lý không đạt tiêu chuẩn thải ra nguồn tiếp nhận. Tuy nhiên, lượng nước thải do ngành công nghiệp này thải ra mà không qua xử lý đã ảnh hưởng trực tiếp đến môi trường nước. Độc tính của các dòng nước thải từ các nhà máy sản xuất bột giấy và giấy là do sự hiện diện một hỗn hợp phức tạp các dịch chiết trong thân cây bao gồm : nhựa cây, các axit béo, lignin, và một số sản phẩm phân hủy của lignin đã bị clo hóa có trọng lượng phân tử thấp. Nồng độ của một số chất từ dịch chiết có khả năng gây ức chế đối với cá.
Khi xả trực tiếp nguồn nước thải này ra kênh rạch sẽ hình thành từng mảng giấy nổi lên trên mặt nước, làm cho nước có độ màu khá cao và hàm lượng DO trong nước hầu như bằng không. Điều này không những ảnh hưởng trực tiếp đến môi trường sống của sinh vật nước mà còn gián tiếp ảnh hưởng đến sức khỏe của người dân trong khu vực.
Tại Việt Trì, nhà máy giấy Việt Trì đã thải 800 m3/ngày ra sông Hồng mà chưa qua xử lý, gây ô nhiễm nước sông Hồng trong suốt một thời gian dài.
Tại Lâm Đồng, theo kết quả kiểm tra của Sở Tài nguyên và Môi trường Lâm Đồng thì nhà máy giấy Thành Lợi đã xả nước thải công nghiệp trong quy trình sản xuất giấy trực tiếp ra suối Hà Lâm với mức độ ô nhiễm cao gấp 12 lần mức cho phép. Lượng nước thải này đã làm cho con suối Hà Lâm - một nguồn nước sinh hoạt và sản xuất nông nghiệp của hàng trăm hộ dân sống dọc theo 2 bên bờ suối trở thành con suối chết với màu nước tím đặc, bốc mùi hôi thối nồng nặc. Sở Tài nguyên và Môi trường Lâm Đồng đã ra quyết định xử phạt nhà máy giấy Thành Lợi 31 triệu đồng và buộc nhà máy phải ngưng sản xuất đến khi thực hiện xong các biện pháp xử lý nước thải, đảm bảo nước thải ra môi trường ở mức cho phép mới được hoạt động trở lại.
Cụm công nghiệp Phú Lâm (Tiên Du) có 21 doanh nghiệp đăng ký thuê đất để đầu tư xây dựng cơ sở sản xuất kinh doanh giấy, trong đó có 19 doanh nghiệp đã hoạt động sản xuất và đang xây dựng hoàn thiện nhà xưởng, còn 2 doanh nghiệp đang dừng hoạt động. Sản lượng hàng tháng của toàn cụm đạt khoảng gần 4300 tấn giấy Krap. Tuy nhiên, mỗi ngày tại đây phát sinh khoảng gần 190 m3 nước thải, 500 kg rác thải sinh hoạt và 3.400 kg rác thải công nghiệp. Các chất thải phát sinh trong quá trình sản xuất của các cơ sở sản xuất giấy tích luỹ lâu ngày, bị phân huỷ gây ô nhiễm môi trường. Theo kết quả phân tích mẫu nước thải của các cơ sở sản xuất trong cụm công nghiệp Phú Lâm của Viện Công nghệ Môi trường (thuộc Viện Khoa học Công nghệ Môi trường Việt Nam) cho thấy: hầu hết các cơ sở sản xuất đều có các chỉ tiêu BOD5, COD,
TSS… vượt tiêu chuẩn cho phép rất nhiều lần, điển hình là cơ sở: Công ty Sản xuất và thương mại Tân Tiến, Công ty Sản xuất giấy và bao bì Việt Thắng.